Dear Justin:<br><br>Thank you so much for your answer. That helps a lot!<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 18, 2009 at 10:35 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Yanmei Song wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Justin:<br>
<br>
Thanks for your response.<br>
<br>
The reason I am doing this is that I wanted to test what the different electrostatics treatments will affect my results. So the heating up is normal by using a plain cut-off and the results can not be trusted, right?<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
That is one of the known problems with using cut-off, yes.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
On Wed, Jun 17, 2009 at 5:20 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
 Â  Â Yanmei Song wrote:<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â Dear Users:<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â I was running a system by non-equilibrium MD using a plain<br>
 Â  Â  Â  Â Cut-off for the electrostatics:<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â title Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â water<br>
 Â  Â  Â  Â cpp Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â /lib/cpp<br>
 Â  Â  Â  Â constraints Â  Â  Â  Â  = Â all_bonds<br>
 Â  Â  Â  Â integrator Â  Â  Â  Â  Â = Â md<br>
 Â  Â  Â  Â dt Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 0.004 Â  ; ps !<br>
 Â  Â  Â  Â nsteps Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 500000 Â ; total 8ns.<br>
 Â  Â  Â  Â nstcomm Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 1<br>
 Â  Â  Â  Â nstxout Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 50000<br>
 Â  Â  Â  Â nstvout Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 50000<br>
 Â  Â  Â  Â nstfout Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 0<br>
 Â  Â  Â  Â nstlog Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 5000<br>
 Â  Â  Â  Â nstenergy Â  Â  Â  Â  Â  = Â 5000<br>
 Â  Â  Â  Â nstxtcout Â  Â  Â  Â  Â  = Â 25000<br>
 Â  Â  Â  Â nstlist Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 10<br>
 Â  Â  Â  Â ns_type Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â grid<br>
 Â  Â  Â  Â pbc Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â xyz<br>
 Â  Â  Â  Â coulombtype Â  Â  Â  Â  = Â Cut-off<br>
 Â  Â  Â  Â rlist Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 0.8<br>
 Â  Â  Â  Â rcoulomb Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 0.9<br>
 Â  Â  Â  Â rvdw Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 0.8<br>
 Â  Â  Â  Â fourierspacing Â  Â  Â = Â 0.12<br>
 Â  Â  Â  Â ewald_rtol Â  Â  Â  Â  Â = Â 1e-5<br>
 Â  Â  Â  Â ;nemd<br>
 Â  Â  Â  Â cos_acceleration Â  Â = Â 0.005<br>
 Â  Â  Â  Â ; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
 Â  Â  Â  Â Tcoupl Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â berendsen<br>
 Â  Â  Â  Â tc_grps Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â SOL<br>
 Â  Â  Â  Â tau_t Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 0.1<br>
 Â  Â  Â  Â ref_t Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 300<br>
 Â  Â  Â  Â ; Energy monitoring<br>
 Â  Â  Â  Â energygrps Â  Â  Â  Â  Â = Â SOL<br>
 Â  Â  Â  Â ; Isotropic pressure coupling is now on<br>
 Â  Â  Â  Â Pcoupl Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â berendsen<br>
 Â  Â  Â  Â pcoupltype Â  Â  Â  Â  Â = Â isotropic<br>
 Â  Â  Â  Â ;pc-grps Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â SOL<br>
 Â  Â  Â  Â tau_p Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 1.0<br>
 Â  Â  Â  Â ref_p Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â 1.0<br>
 Â  Â  Â  Â compressibility Â  Â  = Â 4.5e-5<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â ; Generate velocites is off at 300 K.<br>
 Â  Â  Â  Â gen_vel Â  Â  Â  Â  Â  Â  = Â yes<br>
 Â  Â  Â  Â gen_temp Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 300.0<br>
 Â  Â  Â  Â gen_seed Â  Â  Â  Â  Â  Â = Â 100000<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â I can not figure out where I did wrong, the temperature of the<br>
 Â  Â  Â  Â system is 303.54 after 5ns run ( the temperature turns to 303 in<br>
 Â  Â  Â  Â 500ps). Thanks for the help in advance!<br>
<br>
<br>
 Â  Â Why are you using cutoff for coulombtype? Â It is the reason for the<br>
 Â  Â heating you are seeing:<br>
<br>
 Â  Â <a href="http://oldwww.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-February/039505.html" target="_blank">http://oldwww.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-February/039505.html</a><br>
<br>
 Â  Â -Justin<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â --  Â  Â  Â  Â Yanmei Song<br>
 Â  Â  Â  Â Ph.D. Candidate<br>
 Â  Â  Â  Â Department of Chemical Engineering<br>
 Â  Â  Â  Â Arizona State University<br>
<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
 Â  Â  Â  Â _______________________________________________<br>
 Â  Â  Â  Â gmx-users mailing list Â  Â <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
 Â  Â  Â  Â &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
 Â  Â  Â  Â <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 Â  Â  Â  Â Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 Â  Â  Â  Â before posting!<br>
 Â  Â  Â  Â Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 Â  Â  Â  Â www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 Â  Â  Â  Â &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
 Â  Â  Â  Â Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
 Â  Â --  Â  Â ========================================<br>
<br>
 Â  Â Justin A. Lemkul<br>
 Â  Â Ph.D. Candidate<br>
 Â  Â ICTAS Doctoral Scholar<br>
 Â  Â Department of Biochemistry<br>
 Â  Â Virginia Tech<br>
 Â  Â Blacksburg, VA<br></div>
 Â  Â jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
 Â  Â <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 Â  Â ========================================<br>
 Â  Â _______________________________________________<br>
 Â  Â gmx-users mailing list Â  Â <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 Â  Â &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
 Â  Â <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 Â  Â Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 Â  Â posting!<br>
 Â  Â Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 Â  Â interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 Â  Â &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
 Â  Â Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Yanmei Song<br>
Ph.D. Candidate<br>
Department of Chemical Engineering<br>
Arizona State University<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list Â  Â <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Yanmei Song<br>Ph.D. Candidate<br>Department of Chemical Engineering<br>Arizona State University<br>