<div dir="ltr">Thanks.<br>I am not sure how this addresses my problem. I am getting &quot;broken&quot; structure at the end of the MD (in confout.gro), and want to be sure that GMX treat it correctly during the MD.<br>--Omer.<br clear="all">
  <br>Koby Levy research group,<br>Weizmann Institute of Science. <br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Jun 21, 2009 at 13:42, Tsjerk Wassenaar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div id=":1ca" class="ii gt">To check your periodicity use genconf:<br>
<br>
genconf -f in.pdb -o out.pdb -nbox 2 2 2</div></blockquote></div><br></div>