<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">Dear All,<br>I would like to ask your help on the following - I want my simulation to include a surface, and have PBC.<br>The surface I chose is aligned on the XY plane. However, the surface is not a square.<br>

The surface dimensions are a=b=169.2 &amp; c=6.9 Angstroms, the angles are: bc=ac=90 &amp; ab=120 degrees.<br><br>I have used &quot;editconf -f -box 16.92 16.92 0.69 -angles 90.0 90.0 120.0&quot;. To test this, I have used &quot;trjconv -pbc nojump -center yes -boxcenter zero&quot;. My problem is that the trjconv generates a structure where some of the surface atoms are cut and/or overlapping...<br>

<br>Could you please help me? Wheres the problem?<br>The input PDB I use is about 2 MB in size, so it can&#39;t be attached here.<br clear="all">  <br>Koby Levy research group,<br>
Weizmann Institute of Science. <br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/" target="_blank">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a><br>
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