<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>You don't say why you want to do it in several simulations and not in one.<br>If it is just because your runtime per job is limited you can use<br>the standard way to cut any simulation into parts.<br>Make a tpr file with nsteps set to all steps.<br>run it with mdrun -cpi -append -maxh &lt;hours&gt;<br>Then mdrun will append the output of the new parts to the old parts.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Mon, 22 Jun 2009 15:20:16 +0200<br>&gt; From: mhviet@ifpan.edu.pl<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] How to extend correctly pulling simulation?<br>&gt; <br>&gt; Hi all,<br>&gt;   I am trying to stretch protein using gromacs 4.0 umbrella options.<br>&gt; (please see mdp file in attachment).<br>&gt;  This is quite large 136 amino acids protein which I want to stretch<br>&gt; completely using sets of mdp files with 250000 numbers of steps.  To<br>&gt; perform these simulations I have to be able to continue my MD simulation<br>&gt; after each successful run. Could you give me advice which options I<br>&gt; should add or change to perform these simulations in a correct way.<br>&gt; <br>&gt; Thanks a lot in advance<br>&gt; <br>&gt; Maksim Kouza<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>