<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
<font size="+1"><font face="Courier New, Courier, monospace">Hi!<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am a very beginner, trying to make some dynamics of a protein in
a water box, after doing some (web) tutorials. I googled first for this
(possibly simple) error, found one reference, but cannot see it,
possibly because the gromacs site is under changes.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; I ran pdb2gmx and editconf. Then at genbox I get the error:<br>
<br>
"<br>
Processing topology<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program genbox, VERSION 4.0.5<br>
Source code file: futil.c, line: 330<br>
<br>
File input/output error:<br>
RecA_nat_b4em.top<br>
-------------------------------------------------------<br>
"<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; The command line is:<br>
&gt; genbox -cp ${MOL}_in_box.gro -cs -p ${MOL}_b4em.top -o
${MOL}_b4em.gro &lt;&lt; eof &gt; genbox.log<br>
eof<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; with variable MOL set to RecA_nat <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; The file RecA_nat_b4em.gro is output without problems.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am using gromacs 4.0.5 under openSuSE 11.1.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks,<br>
<br>
Jorge<br>
</font></font>
</body>
</html>