Hi there,<div><br></div><div>How about taking a look at <a href="http://acpypi.googlecode.com">acpypi.googlecode.com</a> and its wikis?</div><div><br></div><div>I hope it can help you.</div><div><br></div><div>Alan</div><div>

<br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 26, 2009 at 14:27,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

<br>
Hello,<br>
<br>
I&#39;m trying to figure out how I can merge the ligand and receptor<br>
files. I used this script to prep a ligand I treated with GAFF<br>
<br>
perl amb2gmx.pl --prmtop test1.prmtop --crd test1.inpcrd --outname ligand<br>
<br>
This results in ligand.top &amp; ligand.gro<br>
<br>
Then I prepped a receptor<br>
<br>
pdb2gmx_d -f fzd2.pdb -ff amber03 -o conf.pdb<br>
<br>
Is there some way to merge these structures and then simulate with gromacs?<br>
<br>
--<br>
Jack<br>
<br>
<a href="http://drugdiscoveryathome.com" target="_blank">http://drugdiscoveryathome.com</a><br>
<a href="http://hydrogenathome.org" target="_blank">http://hydrogenathome.org</a><br></blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<br>Department of Biochemistry, University of Cambridge.<br>

80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<br>&gt;&gt;<a href="http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</a>&lt;&lt;<br>
</div>