
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv=Content-Type>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18783">

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Hi, all,</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I was wondering about the force 

given by Gromacs. One is in the .trr&nbsp; and .tpr file. When I read then with 

gmxdump, they are all zeros:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>traj.trr frame 0:<BR>&nbsp;&nbsp; 

natoms=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24000&nbsp; 

step=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; 

time=0.0000000e+00&nbsp; lambda=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>&nbsp;&nbsp; box (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 3.24900e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 5.62743e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; box[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 1.04120e+01}</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp; f 

(24000x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; f[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; f[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; f[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; f[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>....</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>When I use mdrun -pforce 0 to get all the non-zero 

force, I get:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>step 0&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; 4687&nbsp; 

x&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.975&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.189&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.781&nbsp; 

force&nbsp; 3.58158e+02<BR>step 0&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; 4688&nbsp; 

x&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.975&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.189&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.586&nbsp; 

force&nbsp; 7.16316e+00<BR>step 0&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; 4689&nbsp; 

x&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.975&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.189&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.586&nbsp; 

force&nbsp; 3.65324e+02<BR>step 0&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; 4690&nbsp; 

x&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.812&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.095&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.041&nbsp; 

force&nbsp; 3.58167e+02<BR>step 0&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; 4691&nbsp; 

x&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.812&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.095&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.846&nbsp; 

force&nbsp; 7.16314e+00<BR>....</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Why this happens? Thanks in advance.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Shuangxing Dai</FONT></DIV></BODY></HTML>