<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
    "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
    <head>
        <title></title>
    </head>
    <body>
        <p>
            Hi GROMACS user group!<br />
            <br />
            Maybe this should be aimed at the developers' mailing list... Anyway, I've been having some problems (blowing up) when I tried to simulate a molecule such that one part is coupled to a thermal bath using SD, and another part is not coupled to any bath. Effectively, the uncoupled part has infinite "relaxation time" (tau-T) which is the same as zero coupling (gamma); however, in the *.mdp file it is unrealistic to put in the value infinity for the tau-T parameter. The 4.0 manual specifically says, in section 7.3.14, "Temperature coupling":<br />
            <br />
            tau t: [ps]<br />
            time constant for coupling (one for each group in tc grps), 0 means no temperature coupling<br />
            <br />
            However, when I tried putting in zero I got the following (debugging information log-file)<br />
            <br />
            line 267: SD const tc-grp 0: b nan c inf d -inf<br />
            line 268: SD const tc-grp 1: b 2.08438e-14 c 8.33021e-11 d -2.5e-07<br />
            <br />
            where group 0 had tau-T[0] = 0 and group 1 had tau-T[0] = 1 ps . This shows that when I put zero in the temperature coupling timescale (for SD this is not exactly a first-order relaxation time), the SD parameters blow up.<br />
            <br />
            Note that when I put tau-T[0] = 1000 or tau-T[0] = 10000, the simulation ran properly.<br />
            <br />
            <br />
            Where in the code can I check that what is written in the manual is, indeed correct?<br />
            (i.e., I expect an if statement saying that if the tau-T value of some temperature coupling group is zero, then take the inverse of that to be effectively zero).
        </p>
        <p>
            <br />
        </p>
        <p>
            Thanks in advance,<br />
        </p>
        <p class="imp-signature">
            --<br />
            Inon&#160; &#160;Sharony<br />
            ינון&#160; &#160; &#160;שרוני<br />
            +972(3)6407634<br />
            atto.TAU.ac.IL/~inonshar<br />
            Please consider your environmental responsibility before printing this e-mail.
        </p>
    </body>
</html>