Dear Tsjerk<br><br>                   Thanks for your right suggestion. It works successfully  for dna-protein complex simulation. i want to ask one more thing , can I use parameter file for energy minimisation which i have used for membrane protein simulation or can u suggest me what changes I have to make in parameter file to use for dna- protein complex simulation.<br>
the parameter file like this-<br>cpp                 =  /usr/bin/cpp<br>define              =  -DPOSRE_PROTEIN<br>constraints         =  none<br>integrator          =  steep<br>dt                  = 0.002<br>nsteps              =  10000<br>
;<br>;       Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol               =  1000<br>emstep              =  0.0001<br><br>nstcomm             =  1<br>nstlist             =  10<br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  1.0<br>
rcoulomb            =  1.0<br>vdw-type            = cut-off<br>rvdw                =  1.0<br>coulombtype         =  PME<br>Tcoupl              =  no<br>Pcoupl              =  no<br>gen_vel             =  no<br>comm-mode           = Linear<br>
pbc                 = XYZ<br><br>Specially where i have apply position restrain?<br><br>Thanking you<br>Nitu sharma<br>