Dear all,<br>I had created 3-21 group of sn1 chain for order analysis. I have issued:-<br><br>make_ndx_d -f md_0_1.tpr -o sn1.dx<br><br>&gt; a C15<br><br>Found 128 atoms with name C15<br><br>  3 C15                 :   128 atoms<br>
<br>&gt; a C16<br><br>Found 0 atoms with name C16<br>Group is empty<br><br>&gt; a C17<br><br>Found 128 atoms with name C17<br><br>  4 C17                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C18<br><br>Found 128 atoms with name C18<br>
<br>  5 C18                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C19<br><br>Found 128 atoms with name C19<br><br>  6 C19                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C20<br><br>Found 128 atoms with name C20<br><br>  7 C20                 :   128 atoms<br>
<br>&gt; a C21<br><br>Found 128 atoms with name C21<br><br>  8 C21                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C22<br><br>Found 128 atoms with name C22<br><br>  9 C22                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C23<br><br>
Found 128 atoms with name C23<br><br> 10 C23                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C24<br><br>Found 128 atoms with name C24<br><br> 11 C24                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C25<br><br>Found 128 atoms with name C25<br>
<br> 12 C25                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C26<br><br>Found 128 atoms with name C26<br><br> 13 C26                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C27<br><br>Found 128 atoms with name C27<br><br> 14 C27                 :   128 atoms<br>
<br>&gt; a C28<br><br>Found 128 atoms with name C28<br><br> 15 C28                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C29<br><br>Found 128 atoms with name C29<br><br> 16 C29                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C30<br><br>
Found 128 atoms with name C30<br><br> 17 C30                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C30<br><br>Found 128 atoms with name C30<br><br> 18 C30                 :   128 atoms<br><br>&gt; a C31<br><br>Found 128 atoms with name C31<br>
<br> 19 C31                 :   128 atoms<br><br>&gt; a CA1<br><br>Found 128 atoms with name CA1<br><br> 20 CA1                 :   128 atoms<br><br>&gt; a CA2<br><br>Found 128 atoms with name CA2<br><br> 21 CA2                 :   128 atoms<br>
<br>&gt;del 0-2<br><br>Removed group 0 &#39;System&#39;<br>Removed group 1 &#39;POPC&#39;<br>Removed group 2 &#39;SOL&#39;<br><br>Subsequently, i did this:-<br><br>g_order_d -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -n sn1.ndx -d z -od deuter_sn1.xvg<br>
<br>but, i got fatal error:-<br><br>Taking z axis as normal to the membrane<br>Reading file md_0_1.tpr, VERSION 3.3.2 (double precision)<br>Using following groups:<br>Groupname: System First atomname: C1 First atomnr 0<br>
Groupname: POPC First atomname: C1 First atomnr 0<br>Groupname: SOL First atomname: OW First atomnr 6656<br><br>Reading frame       0 time    0.000   Number of elements in first group: 14036<br><br>-------------------------------------------------------<br>
Program g_order_d, VERSION 3.3.2<br>Source code file: gmx_order.c, line: 360<br><br>Fatal error:<br>grp 1 does not have same number of elements as grp 1<br><br>i have deleted the group 0-2, but why is it it still read the group 0 which the &quot;system&quot; that consist of 14036 atoms?<br>
<br>i would be grateful of anyone can advice on this.<br><br>Thanks in advance.<br><br>Regards,<br>bing<br><br><br><br>