Dear all<br><br>                I am doing simulation of dna -protein complex . in this processing I am getting error in energy minimisation step-<br><br>the error comes like this-<br>There were 2 inconsistent shifts. Check your topology<br>
There were 4 inconsistent shifts. Check your topology<br>Steepest Descents:<br>   Tolerance (Fmax)   =  1.00000e+02<br>   Number of steps    =        10000<br>There were 6 inconsistent shifts. Check your topology<br>Warning: 1-4 interaction between 1 and 6 at distance 7.731 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br>There were 6 inconsistent shifts. Check your topology=         inf, atom= 479<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.0.3<br>Source code file: nsgrid.c, line: 357<br><br>Range checking error:<br>Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br>
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br>errors that give particles very high velocities you might end up with some<br>coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br>
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<br>Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br>energy seems reasonable before trying again.<br><br>Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 10648 ]<br>
<br>--------------------------------------------------<br><br>My em.mdp file is like this-<br>cpp                 =  /usr/bin/cpp<br>define              =  -DFLEXIBLE<br>constraints         =  none<br>integrator          =  steep<br>
dt                  = 0.001<br>nsteps              =  10000<br>;<br>;       Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol               =  100<br>emstep              =  0.01<br><br>nstcomm             =  1<br>nstlist             =  10<br>
ns_type             =  grid<br>rlist               =  1.0<br>rcoulomb            =  1.0<br>vdw-type            = cut-off<br>rvdw                =  1.0<br>coulombtype         =  PME<br>Tcoupl              =  no<br>Pcoupl              =  no<br>
<br>gen_vel             =  no<br>comm-mode           = Linear<br>pbc                 = XYZ<br>                            <br><br>can anyone suggest how can i get rid from this problem.<br>Thanks a lot in advance.<br>Nitu sharma<br>
<br><br>