Well the bilayer drifts down in the z-direction, and eventually the leaflets almost separate, with each leaflet being on opposite ends of the box. <br><br>if i try pbc nojump, the lipids drift far away from the box  in the xy plane<br>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 3, 2009 at 12:00 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Send gmx-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
        <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today&#39;s Topics:<br>
<br>
   1. Re: how to center a MARTINI trajectory so that the lipid<br>
      bilayer remains at the center of the box (XAvier Periole)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 3 Jul 2009 11:43:55 +0200<br>
From: XAvier Periole &lt;<a href="mailto:x.periole@rug.nl">x.periole@rug.nl</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] how to center a MARTINI trajectory so that<br>
        the lipid       bilayer remains at the center of the box<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:EEA7DAA1-6584-4AF0-8321-3FEA30A413F4@rug.nl">EEA7DAA1-6584-4AF0-8321-3FEA30A413F4@rug.nl</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=US-ASCII; format=flowed; delsp=yes<br>
<br>
<br>
What is the problem exactly? The two layers separate over the pbc?<br>
did you try a -pbc nojump prior the centering?<br>
<br>
On Jul 3, 2009, at 11:37 AM, maria goranovic wrote:<br>
<br>
&gt; Dear All,<br>
&gt;<br>
&gt; This has been discussed before for individual frames. But I am<br>
&gt; having a problem in trying to center a trajectory so that the<br>
&gt; bilayer remains at the center of the box. I have tried several<br>
&gt; combinations, but none of the them work. In each case, the centering<br>
&gt; and/or the fitting is done on the lipid bilayer itself.<br>
&gt;<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx -<br>
&gt; center -boxcenter zero -pbc mol<br>
&gt;<br>
&gt; this one works for one particular .gro file, but not for the whole<br>
&gt; trajectory. I tried all of the following, but none of them work.<br>
&gt; What is the solution ?<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx -<br>
&gt; center -boxcenter zero<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx -pbc<br>
&gt; mol -boxcenter zero<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx -pbc<br>
&gt; mol -center<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx   -<br>
&gt; pbc mol -fit trans<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx   -<br>
&gt; pbc mol -fit trans -center<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx   -<br>
&gt; pbc mol -fit trans -center -boxcenter zero<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx -fit<br>
&gt; trans<br>
&gt; trjconv -s struct-1.tpr -f temp.xtc -o final.xtc -n struct.ndx -fit<br>
&gt; progressive<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Maria G.<br>
&gt; Technical University of Denmark<br>
&gt; Copenhagen<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
&gt; posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 63, Issue 11<br>
*****************************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Maria G.<br>Technical University of Denmark<br>Copenhagen<br>