Dear justin<br><br>                      I am trying to do simulation of dna-protein complex  . For this I am using amber port with gromacs-4.0.3  but for this a/c to ffamber.rtp file entry i hqve to make changes in my  .pdb file residues like the DNA base name in this is only A ,C ,G,T so a/c to amber.rtp file entry  I have converted it in DA,DC,DG,DT but when i have changed the name and atom name also my pdb file badly broken. Becoz after that when I have seen it in pymol viewer the structure was totally crashed .<br>
so , I want to ask you how can I get rid from this problem for doing simulation of dna-protein complexusing amber port with gromacs?<br><br>so please suggest me proper methodology to make my pdb file stable even after changing residue name a/c to amber .rtp entry.<br>
<br>Nitu harma.<br>