<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">hi,<br>I am running a simulation of a membrane protein in DPPC bilayer. ii have completed upto genion step. But when i am going to minimize the energy of the system the mdrun crashes showing <br><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Stepsize too small, or no change in energy.</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Converged to machine precision,</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">but not to the requested precision Fmax &lt; 1000</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Double precision normally gives you higher accuracy.</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">You might need to increase your constraint accuracy, or turn</span><br style="color:
 rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">writing lowest energy coordinates.</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">but did not reach the requested Fmax &lt; 10.</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Potential Energy&nbsp; = -9.8290938e+21</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 6.7779973e+24 on atom 5591</span><br style="color: rgb(255, 64, 159);"><span style="color: rgb(255, 64, 159);">Norm
 of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.4384918e+22<br><br><span style="color: rgb(0, 0, 0);">i can understand the problem lies in the mdp file used, i.e. in the Epot and Fmax. i have rerun the step using different values but with same result.please suggest me how to overcome the constraints problem. thanking you in advance. mdp file is here<br><br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br><br>Shamik<br></span></span></td></tr></table><br>
      <!--1--><hr size=1></hr> Love Cricket? Check out live scores, photos, video highlights and more. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_cricket_2/*http://cricket.yahoo.com" target="_blank"> Click here</a>.