Subject: Re: [gmx-users] .mdp =&gt; Dihedral Angles conflict Bond<br>
        Constraints ?<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:8BA75CB5-06BA-4766-B29D-6EEB086C0FFF@rug.nl">8BA75CB5-06BA-4766-B29D-6EEB086C0FFF@rug.nl</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;us-ascii&quot;<br>
<br>
No.<br>
<br>Hi:<br>Why Not?<br><br> lincs-warnangle       =       30<br>this allows each covalent bond to rotate at most 30 degrees....<br><br>all bonds have less degree of freedom to rotate......<br><br>So, I think the dihedral angle will be affect....... and the dihedral angle will some or less decreased.....  ??<br>
<br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br><br><br><br><br>
On Jul 6, 2009, at 20:58, Chih-Ying Lin &lt;<a href="mailto:chihying2008@gmail.com">chihying2008@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Hi<br>
&gt; In the .mdp file, i set lincs-warnangle = 30.<br>
&gt; Will the dihedral angles be affected?<br>
&gt; Will the maximum, possible values of the dihedral angles be reduced<br>
&gt; because of the setup of the bond constraints?<br>
&gt;<br>
&gt; Thank you<br>
&gt; Lin<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; ;     OPTIONS FOR     BONDS<br>
&gt; constraints   =       all-bonds<br>
&gt; constraint-algorithm  =       Lincs<br>
&gt; unconstrained-start   =       yes<br>
&gt; lincs-order   =       4<br>
&gt; lincs-iter    =       1<br>
&gt; lincs-warnangle       =       30<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;