<br><br>Hi  <br>In the .mdp file, i set lincs-warnangle = 30.<br>Will the dihedral angles be affected?  <br>Will the maximum, possible values of the dihedral angles be reduced because of the setup of the bond constraints?<br>
<br>Thank you<br>Lin  <br><br><br><br><br>
 <table style="border-collapse: collapse; width: 192pt;" width="256" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><col style="width: 48pt;" span="4" width="64">
 <tbody><tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt; width: 48pt;" width="64" height="17">;</td>
  <td style="width: 48pt;" width="64">OPTIONS</td>
  <td style="width: 48pt;" width="64">FOR</td>
  <td style="width: 48pt;" width="64">BONDS</td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17">constraints</td>
  <td>=</td>
  <td>all-bonds</td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17">constraint-algorithm</td>
  <td>=</td>
  <td>Lincs</td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17">unconstrained-start</td>
  <td>=</td>
  <td>yes</td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17">lincs-order</td>
  <td>=</td>
  <td align="right">4</td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17">lincs-iter</td>
  <td>=</td>
  <td align="right">1</td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17">lincs-warnangle</td>
  <td>=</td>
  <td align="right">30</td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17"><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17"><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17"><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
 </tr>
 <tr style="height: 12.75pt;" height="17">
  <td style="height: 12.75pt;" height="17"><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
  <td><br></td>
 </tr>
</tbody></table><br>