Dear all ,<br><br>                       I am trying to energy minimisation of one protein molecule but during the grompp mdrun I am facing error again and again like this-<br>t = -0.000 ps: Water molecule starting at atom 35705 can not be settled.<br>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.<br><br>Back Off! I just backed up step-1b.pdb to ./#step-1b.pdb.2#<br><br>Back Off! I just backed up step-1c.pdb to ./#step-1c.pdb.2#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
Segmentation fault<br><br>I am using conjugate gradient intigrater to minimise this protein after doing 100 steps steepest descent minimisation.<br>my em.mdp file like this-<br>cpp                 =  /usr/bin/cpp<br>define              =  -DPOSRE_PROTEIN<br>
constraints         =  none<br>integrator          =  cg<br>dt                  = 0.0001<br>nsteps              =  1500<br>;<br>;       Energy minimizing stuff<br>;<br>emtol               =  100<br>emstep              =  0.001<br>
nstcgsteep          =  1000<br><br>nstcomm             =  1<br>nstlist             =  10<br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  1.0<br>rcoulomb            =  1.0<br>vdw-type            = cut-off<br>rvdw                =  1.0<br>
coulombtype         =  PME<br>Tcoupl              =  no<br>Pcoupl              =  no<br>gen_vel             =  no<br>comm-mode           = Linear<br>pbc                 = XYZ<br><br>If anyone have idea regarding this please suggest me to solve this problem for this I will be really thankful to him/her.<br>
<br>thanks a lot.<br><br>nitu sharma<br>