<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html><head><title>Re[2]: [gmx-users] params for g_cluster and g_clustsize</title>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=windows-1251">
<meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css">
<style type="text/css"><!--
body {
  margin: 5px 5px 5px 5px;
  background-color: #ffffff;
}
/* ========== Text Styles ========== */
hr { color: #000000}
body, table /* Normal text */
{
 font-size: 9pt;
 font-family: 'Courier New';
 font-style: normal;
 font-weight: normal;
 color: #000000;
 text-decoration: none;
}
span.rvts1 /* Heading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #0000ff;
}
span.rvts2 /* Subheading */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-weight: bold;
 color: #000080;
}
span.rvts3 /* Keywords */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 font-style: italic;
 color: #800000;
}
a.rvts4, span.rvts4 /* Jump 1 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
a.rvts5, span.rvts5 /* Jump 2 */
{
 font-size: 10pt;
 font-family: 'Arial';
 color: #008000;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts6
{
 font-weight: bold;
 color: #800000;
}
span.rvts7
{
 font-weight: bold;
 color: #800080;
}
a.rvts8, span.rvts8
{
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
span.rvts9
{
 font-weight: bold;
 color: #800080;
}
span.rvts10
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 font-style: italic;
 color: #c0c0c0;
}
a.rvts11, span.rvts11
{
 font-size: 8pt;
 font-family: 'arial';
 color: #0000ff;
 text-decoration: underline;
}
/* ========== Para Styles ========== */
p,ul,ol /* Paragraph Style */
{
 text-align: left;
 text-indent: 0px;
 padding: 0px 0px 0px 0px;
 margin: 0px 0px 0px 0px;
}
.rvps1 /* Centered */
{
 text-align: center;
}
--></style>
</head>
<body>

<p>In addition to previous letter (Monday is hard-day!)</p>
<p><br></p>
<p>It looks like I have known the answers to my questions.</p>
<p><br></p>
<p>Maybe the reason is that the g_cluster code compared to g_clustsize includes not only single linkage but also other algorithms. So the RMSD feature and smaller default value of -cutoff (which is unusual for single linkage) relate to other algorithms for cluster partitioning. Is it right?</p>
<p><br></p>
<p>Dmitri</p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts6>&gt; Dmitri Dubov wrote:</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Dear gmx'ers,</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Could you explain me the following points in manuals for g_cluster and&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; g_clustsize programs?</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; 1) Manual for g_cluster:</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; "single linkage: add a structure to a cluster when its distance to any&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; element of the cluster is less than cutoff...</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Other options...</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; -cutoff real 0.1 RMSD cut-off (nm) for two structures to be neighbor"</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; What does "RMSD" mean here?</span></p>
<p><span class=rvts6>&gt; Root mean square deviation. Typical for proteins.</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; 2) Manual for g_clustsize:</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; "-cut real 0.35 Largest distance (nm) to be considered in a cluster"</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Is there any difference between -cut and -cutoff in g_cluster above?</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts6>&gt; These are two different programs, unfortunately not sharing any code.</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Thanks.</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Dmitri</span></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; ------------------------------------------------------------------------</span></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; _______________________________________________</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;</span><a class=rvts8 href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a></p>
<p><a class=rvts8 href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">&gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Please search the archive at&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class=rvts9>&nbsp;before posting!</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; www interface or send it to&nbsp;</span><a class=rvts8 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><span class=rvts9>.</span></p>
<p><span class=rvts7>&gt;&gt; Can't post? Read&nbsp;</span><a class=rvts8 href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><br></p>
<p><span class=rvts10>--&nbsp;</span></p>
<p><span class=rvts10>С уважением,</span></p>
<p><span class=rvts10>&nbsp;Dmitri &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</span><a class=rvts11 href="mailto:ddubov@ngs.ru">mailto:ddubov@ngs.ru</a></p>

</body></html>