<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Hi gromacs users.<br><br>I need help with the old data generated by gromacs. It is about a year older.<br>I used the command and the output is:<br>syed@linux-g1cj:~/Desktop/283&gt; g_energy -f md283.edr -o 283te.xvg<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Good gRace! Old Maple Actually Chews Slate<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.0.5&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2001,
 University of Groningen, The Netherlands<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_energy&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 md283.edr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic energy: edr ene<br>&nbsp;-f2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp;&nbsp; Generic energy: edr ene<br>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Input, Opt.&nbsp;&nbsp; Generic run input: tpr tpb tpa<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 283te.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-viol&nbsp; violaver.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp; pairs.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-corr&nbsp;&nbsp; enecorr.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-vis&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; visco.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-ravg&nbsp; runavgdf.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp;
 Description<br>------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; First frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Last frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]fee&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Do a
 free energy estimate<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -fetemp&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp; Reference temperature for free energy calculation<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -zero&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Subtract a zero-point energy<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]sum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sum the energy terms selected rather than display<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; them all<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]dp&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print energies in high precision<br>&nbsp; -[no]mutot&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Compute the total dipole moment from the components<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -skip&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Skip number of frames between
 data points<br>&nbsp;&nbsp; -[no]aver&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print also the X1,t and sigma1,t, only if only 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; energy is requested<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nmol&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Number of molecules in your sample: the energies<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; are divided by this number<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -ndf&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; Number of degrees of freedom per
 molecule.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Necessary for calculating the heat capacity<br>&nbsp;&nbsp; -[no]fluc&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Calculate autocorrelation of energy fluctuations<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rather than energy itself<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -acflen&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Length of the ACF, default is half the number of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; frames<br>-[no]normalize bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Normalize
 ACF<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -P&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; none): 0, 1, 2 or 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -fitfn&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp; Fit function: none, exp, aexp, exp_exp or vac<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -ncskip&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Skip N points in the output file of correlation<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functions<br>&nbsp;&nbsp; -beginfit&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Time where to begin the exponential fit of
 the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; correlation function<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -endfit&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Time where to end the exponential fit of the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; correlation function, -1 is till the end<br><br>Opened md283.edr as single precision energy file<br>Select the terms you want from the following list<br>End your selection with 0<br>&nbsp;&nbsp; 1=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp; 2=&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp; 3=Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp; 4=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>&nbsp;&nbsp; 5=&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;
 6=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; 7=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (LR)&nbsp;&nbsp; 8=&nbsp; Coulomb (SR)<br>&nbsp;&nbsp; 9=&nbsp; Coul. recip.&nbsp; 10=Position Rest.&nbsp; 11=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp; 12=&nbsp;&nbsp; Kinetic En.<br>&nbsp; 13=&nbsp; Total Energy&nbsp; 14=&nbsp;&nbsp; Temperature&nbsp; 15=Pressure (bar)&nbsp; 16=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box-X<br>&nbsp; 17=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box-Y&nbsp; 18=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box-Z&nbsp; 19=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Volume&nbsp; 20=&nbsp; Density (SI)<br>&nbsp; 21=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pV&nbsp; 22=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XX&nbsp; 23=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XY&nbsp; 24=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XZ<br>&nbsp;
 25=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YX&nbsp; 26=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YY&nbsp; 27=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YZ&nbsp; 28=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZX<br>&nbsp; 29=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZY&nbsp; 30=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; 31= Pres-XX (bar)&nbsp; 32= Pres-XY (bar)<br>&nbsp; 33= Pres-XZ (bar)&nbsp; 34= Pres-YX (bar)&nbsp; 35= Pres-YY (bar)&nbsp; 36= Pres-YZ (bar)<br>&nbsp; 37= Pres-ZX (bar)&nbsp; 38= Pres-ZY (bar)&nbsp; 39= Pres-ZZ (bar)&nbsp; 40= #Surf*SurfTen<br>&nbsp; 41=&nbsp; Pcoupl-Mu-XX&nbsp; 42=&nbsp; Pcoupl-Mu-YY&nbsp; 43=&nbsp; Pcoupl-Mu-ZZ&nbsp; 44=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-X<br>&nbsp; 45=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Y&nbsp; 46=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Z&nbsp; 47=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-Protein&nbsp; 48=
 T-Non-Protein<br>&nbsp; 49=&nbsp; Lamb-Protein&nbsp; 50=Lamb-Non-Protein<br>13<br>0<br>Fatal error: Could not open 283te.xvg<br>syed@linux-g1cj:~/Desktop/283&gt; <br><br>your help is necessary for my success.<br><br>    <div><strong><font color="#007f40">Regards<br>LAL BADSHAH <br></font></strong></div><strong><font color="#007f40"></font></strong></td></tr></table><br>
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