<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi gromacs users,<br><br>the other fatal error which is produces from my last year data is:<br>syed@linux-g1cj:~/Desktop/283&gt; g_rms -s em.tpr -f md283.trr -o md283-rmsd.xvg<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GROningen MAchine for Chemical Simulation<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.0.5&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2001, University of Groningen, The
 Netherlands<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_rms&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 em.tpr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure+mass(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb<br>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md283.trr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>&nbsp;-f2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.xtc&nbsp; Input, Opt.&nbsp;&nbsp; Generic trajectory: xtc trr trj gro g96 pdb<br>&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp;&nbsp; Index file<br>&nbsp; -o md283-rmsd.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-mir&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsdmir.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>&nbsp; -a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; avgrp.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-dist rmsd-dist.xvg&nbsp; Output, Opt.&nbsp; xvgr/xmgr file<br>&nbsp; -m&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsd.xpm&nbsp; Output, Opt.&nbsp; X PixMap compatible matrix
 file<br>-bin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rmsd.dat&nbsp; Output, Opt.&nbsp; Generic data file<br>&nbsp;-bm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bond.xpm&nbsp; Output, Opt.&nbsp; X PixMap compatible matrix file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line options<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; First frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;
 time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Last frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -dt&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Only use frame when t MOD dt = first time (ps)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -tu&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ps&nbsp; Time unit: ps, fs, ns, us, ms, s, m or h<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -what&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; rmsd&nbsp; Structural difference measure: rmsd, rho or rhosc<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]pbc&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; PBC check<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]fit&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Fit to reference structure<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -prev&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Compare with previous
 frame<br>&nbsp; -[no]split&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Split graph where time is zero<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -skip&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Only write every nr-th frame to matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -skip2&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Only write every nr-th frame to matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -max&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Maximum level in comparison matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -min&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Minimum level in comparison matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bmax&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Maximum level in bond angle matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -bmin&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Minimum level in bond angle matrix<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -nlevels&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 80&nbsp; Number of levels in the matrices<br><br><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Reading file em.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Fatal error: reading tpx file (em.tpr) version 40 with version 20 program</span><br style="background-color: rgb(255, 255, 0);"><br>So now whats the main problem with this data:<br><div><strong><font color="#007f40"><br>Regards,</font></strong></div>    <div><strong></strong><strong><font color="#007f40">LAL BADSHAH <br></font></strong></div><strong><font color="#007f40"></font></strong></td></tr></table><br>
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