<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi Gromacs user,<br><br>I changed the version and this time it gave the following error<br>syed@linux-g1cj:~/Desktop/283&gt; g_energy -f md283.edr -o md283-TE.xvg<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Gnomes, ROck Monsters And Chili Sauce<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 3.3.1&nbsp; (-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and
 others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2006, The GROMACS development team,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out http://www.gromacs.org for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later
 version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; g_energy&nbsp; (-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; md283.edr&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic energy: edr ene<br>&nbsp;-f2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic energy: edr ene<br>&nbsp; -s&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.tpr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Generic run input: tpr tpb tpa xml<br>&nbsp; -o&nbsp;&nbsp; md283-TE.xvg&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvgr/xmgr file<br>-viol&nbsp; violaver.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp; pairs.xvg&nbsp;
 Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-ora&nbsp;&nbsp;&nbsp; orienta.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-ort&nbsp;&nbsp;&nbsp; orientt.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-oda&nbsp;&nbsp;&nbsp; orideva.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-odr&nbsp;&nbsp;&nbsp; oridevr.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-odt&nbsp;&nbsp;&nbsp; oridevt.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-oten&nbsp;&nbsp;&nbsp; oriten.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-corr&nbsp;&nbsp; enecorr.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-vis&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; visco.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br>-ravg&nbsp; runavgdf.xvg&nbsp; Output, Opt. xvgr/xmgr file<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp; Value&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print help info and
 quit<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Set the nicelevel<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -b&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; First frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -e&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Last frame (ps) to read from trajectory<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]w&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; View output xvg, xpm, eps and pdb files<br>&nbsp;&nbsp; -[no]xvgr&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Add specific codes (legends etc.) in the output<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; xvg files for the xmgrace program<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]fee&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;
 Do a free energy estimate<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -fetemp&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp; Reference temperature for free energy calculation<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -zero&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Subtract a zero-point energy<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]sum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Sum the energy terms selected rather than display<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; them all<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]dp&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print energies in high precision<br>&nbsp; -[no]mutot&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Compute the total dipole moment from
 the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; components<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -skip&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Skip number of frames between data points<br>&nbsp;&nbsp; -[no]aver&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Print also the X1,t and sigma1,t, only if only 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; energy is requested<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nmol&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Number of molecules in your sample: the energies<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; are
 divided by this number<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -ndf&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; Number of degrees of freedom per molecule.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Necessary for calculating the heat capacity<br>&nbsp;&nbsp; -[no]fluc&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Calculate autocorrelation of energy fluctuations<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; rather than energy itself<br>&nbsp;-[no]orinst&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Analyse instantaneous orientation data<br>&nbsp;&nbsp; -[no]ovec&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Also plot the eigenvectors with -oten<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 -acflen&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Length of the ACF, default is half the number of<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; frames<br>-[no]normalize bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Normalize ACF<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -P&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Order of Legendre polynomial for ACF (0 indicates<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; none): 0, 1, 2 or 3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -fitfn&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp; Fit function: none, exp, aexp, exp_exp,
 vac,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; exp5, exp7 or exp9<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -ncskip&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Skip N points in the output file of correlation<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; functions<br>&nbsp;&nbsp; -beginfit&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Time where to begin the exponential fit of the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; correlation function<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -endfit&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp; Time where to end the exponential fit of
 the<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; correlation function, -1 is till the end<br><br>Opened md283.edr as single precision energy file<br><br>&nbsp; Select the terms you want from the following list<br>-----------------------------------------------------<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper-Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-(LR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Coul.-recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Position-Rest.&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pressure-(bar)&nbsp;&nbsp; Box-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Box-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Box-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Volume&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Density-(SI)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>pV&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-XX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-XY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Pres-XZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-YX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-YY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-YZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Pres-ZX-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-ZY-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pres-ZZ-(bar)&nbsp;&nbsp;&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Pcoupl-Mu-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pcoupl-Mu-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Pcoupl-Mu-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Mu-Y&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 T-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-Non-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>Lamb-Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lamb-Non-Protein <br><br>Total-Energy<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program g_energy, VERSION 3.3.1<br>Source code file: futil.c, line: 308<br><br>File input/output error:<br>md283-TE.xvg<br>-------------------------------------------------------<br><br>"No One Could Foresee the End That Came So Fast" (Slayer)<br><br>syed@linux-g1cj:~/Desktop/283&gt; <br><br>    <div><strong><font color="#007f40">Regards,<br>LAL BADSHAH <br></font></strong></div><strong><font color="#007f40"></font></strong></td></tr></table><br>
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