hI,<div><br></div><div>I apologize for late reply. The script you mentioned worked completely fine. I guess I was using different shell.</div><div><br></div><div>Thanks a lot<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 1, 2009 at 2:11 PM, Florian Dommert <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">* Shobhit Kudesia &lt;<a href="mailto:shobhit.kudesia@gmail.com" target="_blank">shobhit.kudesia@gmail.com</a>&gt; [2009-06-30 21:19:47 -0400]:<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
I installed  fftw as follows (creating single- and double-precision<br>
versions) :<br>
<br>
./configure --enable-threads --enable-float --prefix=/home/kudesias/fftw<br>
make<br>
make install<br>
<br>
make distclean<br>
<br>
./configure --enable-threads --prefix=/home/kudesias/fftw<br>
make<br>
make install<br>
<br>
I also used<br>
export CPPFLAGS=-I/home/kudesias/fftw/include<br>
export LDFLAGS=-L/home/kudesias/fftw/lib ( Initially I used I in place of L<br>
so I corrected it)<br>
<br>
On using the configure script<br>
<br>
./configure  --enable-mpi<br>
<br>
I  get the following error then<br>
<br>
checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>
checking for special C compiler options needed for large files... no<br>
checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... no<br>
checking for _LARGEFILE_SOURCE value needed for large files... 1<br>
checking for sqrt in -lm... yes<br>
checking for fftw3.h... configure: error: Cannot find the default external<br>
FFT library (fftw3).<br>
<br>
I will be glad if you can help with this.<br>
</blockquote>
<br></div></div>
I tried your procedure on my computer and the configure script finished<br>
without trouble. Are your sure using fftw**3** ? In case you use fftw2<br>
you have to tell the script.<br>
<br>
Another problem can be that you set the enviroment variables in another<br>
shell window as you execute the configure script, because then CPPFLAGS<br>
and LDFLAGS are not present anymore.<br>
<br>
To be on the safe side put all in one line:<br>
<br>
./configure --prefix=$HOME/gmx4 LDFLAGS=-L$HOME/fftw/lib CPPFLAGS=-I$HOME/fftw/include<br>
<br>
This command line should work for you, in case FFTW3 is located as you<br>
mentioned before. So try copy&amp;paste and tell us over the mailing list<br>
what happend.<br>
<br>
Flo<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div class="h5">
<br>
Thanks<br>
<br>
<br>
On Thu, Jun 25, 2009 at 2:08 AM, Florian Dommert &lt;<br>
<a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de" target="_blank">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt; wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div></div><div class="h5">
* Shobhit Kudesia &lt;<a href="mailto:shobhit.kudesia@gmail.com" target="_blank">shobhit.kudesia@gmail.com</a>&gt; [2009-06-25 01:55:00 +0530]:<br>
<br>
<br>
 Hi ,<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
During the ./configure of gromacs on my Bash Shell, I get the following<br>
error:<br>
<br>
configure: error: Cannot find fftw3f library<br>
<br>
I have installed fftw3 files in a directory other than usr/local. I<br>
have installed fftw3 both with double and single precision but I still<br>
get the error while configuration of GROMACS for default single<br>
precision. I have also included the libraries  usinG CPPFLAGS &amp;<br>
LDFLAGS.<br>
<br>
</blockquote>
<br>
If you have installed the single version of FFTW3 and supply the<br>
corresponding CPPFLAGS and LDFLAGS to configure then the script will<br>
find the libraries. So two errors are very likely though we do not<br>
anything about your installation:<br>
<br>
* a small typo in the configure line ( if you present it here, everybody<br>
can<br>
judge this )<br>
<br>
* the installation of the single precision fftw3f failed for any reasons<br>
<br>
Flo<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Any help will be appreciated<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
</blockquote>
<br>
--<br>
Florian Dommert<br>
Dipl.-Phys.<br>
<br>
Institute for Computational Physics<br>
University Stuttgart<br>
<br>
Pfaffenwaldring 27<br>
70569 Stuttgart<br>
<br>
Tel: +49 - 711 / 6856-3613<br>
Fax: +49 - 711 / 6856-3658<br>
<br>
EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de" target="_blank">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br></div></div>
Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a>&lt;<a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/%7Eicp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/%7Eicp/Florian_Dommert</a>&gt;<div>
<div></div><div class="h5"><br>
<br>
!! PGP-ENCODED emails preferred !!<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
<br>
<br>
-- <br>
<br>
<br>
With Warm Regards<br>
Shobhit Kudesia<br>
3rd year Undergraduate<br>
Department of Biotechnology<br>
IIT Kharagpur<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
Florian Dommert<br>
Dipl.-Phys.<br>
<br>
Institute for Computational Physics<br>
University Stuttgart<br>
<br>
Pfaffenwaldring 27<br>
70569 Stuttgart<br>
<br>
Tel: +49 - 711 / 6856-3613<br>
Fax: +49 - 711 / 6856-3658<br>
<br>
EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de" target="_blank">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>
Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br>
<br>
!! PGP-ENCODED emails preferred !!<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><br><br>With Warm Regards<br>
Shobhit Kudesia<br>3rd year Undergraduate<br>Department of Biotechnology<br>IIT Kharagpur<br>
</div>