
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv=Content-Type>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.18783">

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Hi, all,</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I was wondering why I got large 

pressure after energy minimization.&nbsp;In MD, the pressure and pressure tensor 

is defined like ( equation 4.151 in manual):</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 

face=Arial>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

P=2*(E_kinetic&nbsp;&nbsp;+&nbsp; W)/(3*V), V is volume and W is 

Virial.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>I run a simple system,&nbsp;fcc gold with LJ 

potential to check the pressure after energy&nbsp;minimization.&nbsp; I 

got:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>&nbsp;Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

8.75158e+03</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial><BR>Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1 in 1 

steps<BR>Potential Energy&nbsp; = -1.4870625e+03<BR>Maximum 

force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 2.2925207e-05 on atom 1606<BR>Norm of 

force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 7.9803776e-06</FONT>&nbsp;&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>The force is very small and the energy minimization 

finished in 1 steps, since all the atoms are at equilibrium. So I was wondering 

why I got this huge pressure. And in&nbsp;a lot of simulations, I found huge 

pressure after energy minimization. Even in free energy tutorial on Wiki, I 

found large pressure as larege as 1 GPa. After energy minimization, the forces 

are very small and no velocity, so the pressure should be close to 

zero.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Anyone has any idea about this?</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>PS: Why the forces in traj.trr are all zeros? 

</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>This is the&nbsp; mdp file:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>; RUN CONTROL PARAMETERS 

=<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 

steep<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 500<BR>; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f) 

=<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 

1<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 

1<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>; Output frequency for energies to log file and energy file 

=<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 

1<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS =<BR>; Force tolerance and initial 

step-size 

=<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 

1<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.01<BR>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS =<BR>; nblist update frequency 

=<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>; ns algorithm (simple or grid) 

=<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= simple<BR>; Periodic boundary conditions: xyz or none 

=<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= xyz<BR>; nblist cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.9<BR>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW =<BR>; Method for doing 

electrostatics 

=<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 

PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.9<BR>; Dielectric constant (DC) for cut-off or DC of reaction field 

=<BR>epsilon-r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>; Method for doing Van der Waals 

=<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Cut-off<BR>; cut-off lengths&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.9<BR></FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Thanks in advance,</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2 face=Arial>Shuangxing Dai</DIV></FONT></BODY></HTML>