<div>Hello gmx-users,</div>
<div> </div>
<div>I want to run a system which contains about 200 amino acids. But i met some problems with the topology file of this protein. Beacuse groups of some residues are expected to be substituted by some other groups. For example, the hydrogen atome of SH group in Cys is expected to be substituted by -SH group to form a disulphur bond. So, Is there any one who can teach me how to get a topology file of a protein like this?</div>

<div> </div>
<div>Thank you in advance.</div>
<div> </div>
<div>Best</div>
<div> </div>
<div>Huifang <br clear="all"></div>
<div></div><br>-- <br>Huifang Liu (Ph.D. Student)<br>School of Pharmacy<br>Fudan University<br><br>No.826 Zhang Heng Rd.  Shanghai, China, 200032  <br>Tel: (86-21)51980010 (O)    Cell phone: +86-13764669357<br>E-mail: <a href="mailto:huifangliu1985@gmail.com">huifangliu1985@gmail.com</a>    Fax: (86-21)51980010<br>