<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear gromacs users,<br>my protein has 4453 atoms and 583 residues. after running the pdb2gmx command it got converted to 5657 atoms and 581 residues. I cut and pasted the HETATMS from the initial pdb file into a separate file.<br>My queries are:<br>1. how did the number of atoms and residues change.<br>2. while pasting the HETATMS of the cofactors and the related molecules necessary in the newly created pdb file (from that separate file), I changed the changed the number of atoms accordingly (that is numbers starting from 4454 to numbers starting from 5658). My question is that whether i should change the numbers of the residues also accordingly???? since the numbering of residues of cofactors and other necessary molecules werent in the sequentially ordered number.....<br>Please help...........<br></td></tr></table><br>
      <!--3--><hr size=1></hr> See the Web&#39;s breaking stories, chosen by people like you. Check out <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_buzz_1/*http://in.buzz.yahoo.com/" target="_blank"> Yahoo! Buzz</a>.