
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div>I am carrying out energy minimization of the protein peptide complex. But even after using nstcomm=1 and/or pbc=xyz, my energy minimized structure has peptide far away from the binding site. This did not happen with ATP-protein complex. Even in Drug-enzyme tutorial, similar .mdp file is given for energy minimization. What could be possible reasons for such flying away of the peptide ? How should I fix the problem ?<br><br>Regards,<br>Nikhil<br></div></div><br>Send free SMS to your Friends on Mobile from your Yahoo! Messenger. Download Now! http://messenger.yahoo.com/download.php</body></html>