<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">dear gromacs users,<br>my protein has a cofactor FAD, and NAG sugar along with it. these are present in the protein's PDB file itself.<br>while creating the topology, are we supposed to add FAD's and NAG's itp under<br>"Include forcefield parameters" by downloading it separately and also should I add the molecules name and number under <br>";Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols"<br><br></td></tr></table><br>
      <!--3--><hr size=1></hr> See the Web&#39;s breaking stories, chosen by people like you. Check out <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_buzz_1/*http://in.buzz.yahoo.com/" target="_blank"> Yahoo! Buzz</a>.