<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000066">
<font face="Helvetica, Arial, sans-serif">Hi.<br>
I found the same behavior with both 3 (3.3.3) and 4 (4.0.5) versions on
x86_64.<br>
What I found is :<br>
1. gen-pair correctly generates the 1-4 parameters (verified with
gmxdump -s topol.tpr)<br>
&nbsp; &nbsp; But with no [pairs] defined, 1-4 interactions <br>
&nbsp; &nbsp; are not calculated no matter what the scale factor is.<br>
&nbsp;&nbsp; One has to define the [pairs] to calculate scaled 1-4.<br>
2. It seems that in the case of nrexcl 2 and pairs defined, the 1-4
interactions are calculated twice<br>
&nbsp; &nbsp; (once with scaling 1 in LJ(SR)&nbsp; and once scaled by whatever the
scaling factor is in LJ-14)<br>
&nbsp; &nbsp; With nrexcl 3 and pairs defined only the scaled 1-4 are calculated.<br>
<br>
Probably the manual is not clear at this point (p.99 of v4 manual),
where it states :<br>
<i>The GROMOS force fields list all these interactions explicitly, but
this section might be<br>
empty for force fields like OPLS that calculate the 1-4 interactions by
scaling.</i><br>
<br>
To verify this I did :<br>
zero steps with a single molecule in a large box, varying nrexcl and
scaling factors with pairs defined.<br>
What I found is :<br>
NREXCL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SCALE FACTOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 3.22186&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 0<br>
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.22186&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.58086<br>
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.22186&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.16172<br>
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.93987&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
3 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.93987&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.58086<br>
3 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.93987&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.16172<br>
<br>
Scaling in 1-4 works as it is expected.<br>
The total LJ (LJ(SR) + LJ-14) in the case of nrexcl 3 and scale factor
1.0 is 3.22185 that is equal to <br>
the LJ(SR) in the case of nrexcl 2 and scale factor 0. This means that
with nrexcl 2,<br>
the 1-4 are calculated unscaled no matter the value of&nbsp; scaling factor
AND scaled by scaling factors,<br>
i.e. scaling 1.5 instead of 0.5 as Mike notes,<br>
Similar for Coulombic interactions.<br>
What I use is nrexcl 3 and pairs defined.<br>
<br>
DD<br>
<br>
</font><br>
<br>
<br>
Berk Hess wrote:
<blockquote cite="mid:COL113-W153763877C66DDEA4467938E230@phx.gbl"
 type="cite">
  <style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
  </style>Hi,<br>
  <br>
There is surely no problem with the gen-pairs option, as that would
cause<br>
serious trouble with nearly all simulations performed with Gromacs.<br>
  <br>
gen-pairs only sets the generation of pair parameters, not of the actual<br>
pair interactions in the topology.<br>
  <br>
I have no clue to what it going wrong in your system.<br>
You can file a bugzilla at bugzilla.gromacs.org.<br>
  <br>
Berk<br>
  <br>
&gt; Date: Mon, 13 Jul 2009 21:09:37 +0200<br>
&gt; From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:mikewykes@gmail.com">mikewykes@gmail.com</a><br>
&gt; To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; Subject: [gmx-users] Re: Problems with non-bonded interactions
using OPLSAA<br>
&gt; <br>
&gt; Dear all<br>
&gt; <br>
&gt; I have since found the problem. For some reason gen-pairs = yes
option<br>
&gt; is not working, so my 1-4 interactions were being completely
excluded<br>
&gt; and not scaled by 0.5 as they should have been. Defining all 1-4
pairs<br>
&gt; in a [ pairs ] section in conjunction with nexcl =3 in the topology<br>
&gt; solved the problem.<br>
&gt; <br>
&gt; I was not sure whether to use nexcl =2 or nexcl =3 in the case of<br>
&gt; scaled 1-4 interactions, but by trial and error I found that one<br>
&gt; should use nexcl =3, otherwise you have the full 1-4 interaction +
the<br>
&gt; scaled one, so in total a scaling of 1.5 instead of 0.5.<br>
&gt; <br>
&gt; Any ideas why gen-pairs = yes option is not working would be much
appreciated.<br>
&gt; <br>
&gt; Thanks to those who responded to my first email,<br>
&gt; <br>
&gt; Mike<br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; <br>
&gt; On Thu, Jul 2, 2009 at 6:54 PM, Mike
Wykes<a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:mikewykes@gmail.com">&lt;mikewykes@gmail.com&gt;</a> wrote:<br>
&gt; &gt; Dear all<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &nbsp;I would like to simulate beta cyclodextrin in various organic<br>
&gt; &gt; solvents with the OPLSAA FF for Carbohydrates (J Comput Chem
18:<br>
&gt; &gt; 1955-1970, 1997) but am having problems with the short range
Coulomb<br>
&gt; &gt; and LJ interactions.<br>
&gt; &gt; This FF (and OPLS in general) does not assign LJ parameters to<br>
&gt; &gt; hydrogen atoms in OH groups, relying on the repulsion between
oxygens<br>
&gt; &gt; to keep the hydrogen (charge +0.435 ) of one OH group getting
too<br>
&gt; &gt; close to the O (charge -0.7 ) of another.<br>
&gt; &gt; However in MD simulations, the hydrogen of one OH group
collides with<br>
&gt; &gt; the O of another, and shortly after the system explodes.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Obviously, this could be a mistake of how I converted the
parameters<br>
&gt; &gt; in the paper into gromacs parameters, so I have checked this
and found<br>
&gt; &gt; no mistakes. Some of the parameters are taken from regular
OPLS,<br>
&gt; &gt; allowing me to check my conversion by comparing to the
parameters in<br>
&gt; &gt; gromacs/share/top/ffoplsaa*.itp files.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Out of curiosity I implemented the same forcefield in the
tinker md<br>
&gt; &gt; package and the O...H system was stable during MD, with no
O..H<br>
&gt; &gt; collisions. Comparing the energies of exactly the same
geometry of<br>
&gt; &gt; beta cyclodextrin with the same OPLS parameters shows
identical bonded<br>
&gt; &gt; interactions, but differences in the non-bonded interactions:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; tinker(kcal/mol) &nbsp; gmx (kj/mol) &nbsp;
gmx(kcal/mol) &nbsp; &nbsp;difference<br>
&gt; &gt; Total &nbsp; Potential energy 312 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1416.98 -338.67 650.67<br>
&gt; &gt; &nbsp;Bond Stretching &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;23.32 &nbsp; 97.58 &nbsp; 23.32 &nbsp; 0<br>
&gt; &gt; Angle Bending &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 30.38 &nbsp; 127.11 &nbsp;30.38 &nbsp; 0<br>
&gt; &gt; &nbsp;Torsional Angle &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;312.06 &nbsp;1305.64 312.06 &nbsp;0<br>
&gt; &gt; Van der Waals &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 13.69 &nbsp; -119.03 -28.45 &nbsp;42.14<br>
&gt; &gt; Charge-Charge &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -67.45 &nbsp;-2828.29 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-675.98 608.52<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; In both cases the molecule was in the gas phase, all
non-bonded<br>
&gt; &gt; interactions being treated with a cutoff of 1.5 nm.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Any suggestions as to what could be going wrong in my gromacs<br>
&gt; &gt; calculations would be much appreciated.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Please find my mdp, top and itp files below. I am using
version 4.0.5.<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Many thanks,<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Mike<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; gmx-users mailing list <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before
posting!<br>
&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
&gt; www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
  <br>
  <hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a
 moz-do-not-send="true"
 href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/"
 target="_new">MSN Messenger</a>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please search the archive at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></pre>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>