<div dir="ltr">Try using trjconv. Look at the -pbc options and also maybe -center options.<br>--Omer.<br clear="all">  <br>Koby Levy research group,<br>Weizmann Institute of Science. <br>FAX: 972-77-444-7905<br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a><br>

<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 15, 2009 at 10:09, nikhil damle <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pdnikhil@yahoo.co.in">pdnikhil@yahoo.co.in</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">but peptide remains inside the box while protein is seen outside.<br></div></blockquote></div><br></div>