<div>Dear gmx users</div>
<div> </div>
<div>When simulating the process of surfactant self-assembly, is there any specific consideration in converting the trajectory to a continuous form? I read in the mailing list that in the simulation of clusters (such as micelles) the molecules must be whole in the reference structure (tpr) in order to use the trjconv -pbc nojump command. So is it correct to use a reference structure corresponding to the initial random configuration of surfactant molecules and expect to reach a final structure with complete micelles?</div>

<div>Thank you very much in advance</div>
<div> </div>
<div>Mojdeh Akhavan</div>
<div>Ph.D. student of Physical Chemistry</div>
<div>K.N. Toosi University of Technology</div>
<div>Theoretical Physical Chemistry Group</div>
<div><a href="http://www.chem.kntu.ac.ir/~sjalili/">http://www.chem.kntu.ac.ir/~sjalili/</a></div>