<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi all, i ma simulating a membrane protein, in which i am facing a problem in the equilibration step. in the NVT equilibration when i am running the mdrun command i am getting a msg like <br><br><span style="color: rgb(255, 0, 0);">Program mdrun, VERSION 4.0.5</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">Source code file: constr.c, line: 136</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">Fatal error:</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">Too many LINCS warnings (1966)</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">or set the
 environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);">but normally it is better to fix the problem</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);">&nbsp;<br>i cant understand how to fix the problem. where actually lies the error? is it in the mdp file i am using? some suggestions will be really helpful in this regard. Thank you all for the help in advance.<br><br></td></tr></table><br>



      <!--3--><hr size=1></hr> Looking for local information? Find it on <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_local_1/*http://in.local.yahoo.com/" target="_blank"> Yahoo! Local</a>