It seems atoms, not molecules... :)<br><br>~Vitaly<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 16, 2009 at 12:36 PM,  <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:swatik@ncbs.res.in">swatik@ncbs.res.in</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
thanks for your reply.<br>
<br>
Yes their is difference of 5 solvent molecules. They are more in number in<br>
my topology file.<br>
<br>
Regards,<br>
Swati<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I am running simulation for the drug enzyme complex using Gromacs with<br>
&gt;&gt; gromacs96(43a2)forcefield. After generating waterbox around my protein,<br>
&gt;&gt; when I am running grompp command (before energy minimization) I am<br>
&gt;&gt; getting<br>
&gt;&gt; following error:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; ---------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#<br>
&gt;&gt; checking input for internal consistency...<br>
&gt;&gt; calling /lib/cpp...<br>
&gt;&gt; processing topology...<br>
&gt;&gt; Generated 380 of the 1326 non-bonded parameter combinations<br>
&gt;&gt; Excluding 3 bonded neighbours for Protein_A 1<br>
&gt;&gt; Excluding 2 bonded neighbours for SOL 735<br>
&gt;&gt; Excluding 3 bonded neighbours for ZPR 1<br>
&gt;&gt; Excluding 2 bonded neighbours for SOL 36755<br>
&gt;&gt; NOTE:<br>
&gt;&gt;  System has non-zero total charge: -1.999999e+01<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; processing coordinates...<br>
&gt;&gt; --------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt; Program grompp_mpi, VERSION 3.3.1<br>
&gt;&gt; Source code file: grompp.c, line: 448<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Fatal error:<br>
&gt;&gt; number of coordinates in coordinate file (protein_gen.pdb, 119825)<br>
&gt;&gt;             does not match topology (topology.top, 119830)<br>
&gt;&gt; --------------------------------------------------------------------------<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; I checked gromacs wiki page<br>
&gt;&gt; also(<br>
&gt;&gt; <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Number_of_coordinates_in_coordinate_file_does_not_match_topology" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Number_of_coordinates_in_coordinate_file_does_not_match_topology</a><br>

&gt;&gt; )<br>
&gt;&gt; but not able to solve this error.I am getting this error before adding<br>
&gt;&gt; ions.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Can anybody help me regarding same and suggest what could be possible<br>
&gt;&gt; reason for this ?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Regards,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I guess you just missed five atoms in your gro file. Does the number of<br>
&gt; solvent molecules in the coordinate file equal to that in the topology?<br>
&gt;<br>
&gt; ~ Vitaly<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Vitaly V. Chaban, Ph.D. (ABD)<br>
&gt; School of Chemistry<br>
&gt; V.N. Karazin Kharkiv National University<br>
&gt; Svoboda sq.,4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>
&gt; email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a>,<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a><br>
&gt; skype: vvchaban, mob.: +38-097-8259698<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div>