Hello again,<br><div class="gmail_quote"><br>Thanks for quick replies!  I&#39;ve tried to see what happens if I put peptide in water and sure enough it failed (uses gromacs 4.0). But when I run it on machine that I have created the *.tpr file it runs no problem already 5000 steps and the machine uses gromacs 4.0.5. <br>


<br>How could it be possible, after all the Gromacs versions are very similar.<br><br>To solavate I have used genbox -cp protein.gro -cs DMPCbox(bilayer with water ontop) -box [dimensions] -<br><br>I have attached images, also if the didn&#39;t come through I have included lincs to them:<br>

<a href="http://kbessonov.googlepages.com/DMPC_cage.gif" target="_blank">http://kbessonov.googlepages.com/DMPC_cage.gif</a><br><a href="http://kbessonov.googlepages.com/A141_simulSys.png" target="_blank">http://kbessonov.googlepages.com/A141_simulSys.png</a><br>

<a href="http://kbessonov.googlepages.com/A141inDMPC.GIF" target="_blank">http://kbessonov.googlepages.com/A141inDMPC.GIF</a><br><br>After running simulation for couple of hours I have discovered that DMPC molecules are flying apart, showing as some rays in a form of a cage as you see form the DMPC pic.<br>

What can I do to prevent this artifact, is there trjconv command to ma ke corrections so I do not see this strange artifact?<br><br><br>
</div><br>