<font face="Courier" size="3"><span style="font-size: 13px; font-family: Courier;"><font face="verdana,sans-serif">Hi Justin,<br><br>I am running now peptide in DMPC as I figured out the main source of the problem. This is my main goal: to see how this peptide interacts with DMPC. I had done couple of videos on preliminary trajectory. Check them out here <a href="http://www.youtube.com/watch?v=KX6XOGfCzQ0">http://www.youtube.com/watch?v=KX6XOGfCzQ0</a> and <a href="http://www.youtube.com/watch?v=QwntHk8hBH8">http://www.youtube.com/watch?v=QwntHk8hBH8</a><br>
</font><br><br>So you suggest to run position restrained dynamics by including:<br>define              =  -DPOSRES<br><br>in the .mdp run file. But in this case I would not allow peptide to diffuse into DMPC as it will be freezed... Actually, I do not know what molecule (protein or the DMPC, water) will be freezed. Could you tell me why did you suggested position restrained dynamics and why it is good, as I think it is less &quot;realistic&quot; simulation. Where can I get more info position restrained dynamics to understand it better?<br>
__________________<br><br>You said also that tpbconv is obsolete, so how would I resume my run, in other words what is the best way to resume? Use tpbconv but with input index file (-n flag) ?<br></span></font>