<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div>Hello,<br>Thanks for the reply. I am trying to add N-H hydrogen of a residue which is tab separated formate; just like other residues. if i remove this H from .hdb file, file can be read and pdb2gmx gives missing atom error. But when i have it in the file, it can not read it. if there were version related problem, it should give same error even after removing this H. i m using Gromacs-4.0.5 on linux machine. so no OS related problems possible<br><br>Regards,<br>Nikhil<br></div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><br><div style="font-family: arial,helvetica,sans-serif; font-size: 13px;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"><b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br><b><span
 style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Sunday, 19 July, 2009 2:43:05 PM<br><b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] H-Db error<br></font><br>nikhil damle wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt; I added peptide H to the the new residue i added to .rtp file in the ffG43a1.hdb file But the pdb2gmx gives error saying it can not read hdb file. If i remove this H from .hdb file, it gives error of missing atom. How should i resolve this problem ? y can pdb2gmx not read hdb file if i add one extra H ??<br><br>If your version of the .hdb file can't be read, then you've broken the format (see chapter 5), or created a file that does not adhere to the right conventions (e.g. by having Windows-style line endings - fix using dos2unix utility), or mangled the file permissions, or quite a few other
 possiblities.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></div><br>
      <!--3--><hr size=1></hr> See the Web&#39;s breaking stories, chosen by people like you. Check out <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_buzz_1/*http://in.buzz.yahoo.com/" target="_blank"> Yahoo! Buzz</a>.</body></html>