<div>Hi,</div>
<div>Thanks for your comments. But I do not know how to get (or make) the pdb file if it is not made (let say for a new system). Are you using special software to do that to make a pdb or gro file, before starting the simulation?</div>

<div>Another thing: It is not possible for me to open some web-pages that users are referring to (some of them are crucial to get the answer)!! Did you face with the same problem or there is new web-address for them??</div>

<div> </div>
<div>Thanks for your help,</div>
<div>Jamie<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jul 21, 2009 at 4:17 PM, Rodrigo faccioli <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:rodrigo_faccioli@uol.com.br">rodrigo_faccioli@uol.com.br</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi,<br><br>If I understood your question, do you want to know how can you start a simulation? So, if I&#39;m correct I recommend this link <a href="http://www.gromacs.org/WIKI-import/Main_Page/Beginners" target="_blank">http://www.gromacs.org/WIKI-import/Main_Page/Beginners</a> to you. In this link, there is flowsheet file which is the flowchart to Gromacs simulation.<br>
<br>Answered your question a little more specific, although basically,  after you get the pdb file, you need to run the pdb2gmx program. The link above explains more details about it.<br><br>I hope that this email helped you.<br>
<br>Cheers,<br> <br clear="all">--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>
Intelligent System in Structure Bioinformatics<br><a href="http://laips.sel.eesc.usp.br/" target="_blank">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
<br><br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div></div>
<div class="h5">On Tue, Jul 21, 2009 at 4:52 PM, Jamie Seyed <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jamie.seyed@gmail.com" target="_blank">jamie.seyed@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
<div>
<div></div>
<div class="h5">
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-GB"><font size="3"><font face="Times New Roman">Hi,</font></font></span></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-GB" style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">I have a basic question (since I am new). For starting any simulation as I understand, is to find a .pdb or .gor file. Pdb files for proteins are already there, but for a new system what is the easiest and quick way to find it (which software etc). What about .gro files?????</span></p>

<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-GB" style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial"> </span></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-GB" style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">I appreciate your help for solve my basic problems.</span></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt"><span lang="EN-GB" style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: Arial">Thanks, Jamie</span></p><br></div></div>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>