<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
  <title></title>
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi Cynthia,<br>
<br>
I'm also working on including some tabulated functions but I don't have
any simulation yet. Thus I'm not a 'specialist'&nbsp; in this topic, but I
hope I can help you a little.<br>
<br>
<blockquote cite="mid:20090720161853.12C0F246CA@struktbio205.bmc.uu.se"
 type="cite">
  <div
 style="font-family: garamond,'new york',times,serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">Dear
all,&nbsp;
  <div><br>
  </div>
  <div>I tried to include 2 tabulated dihedral potential functions into
my simulation. But it seems to be not able to generate correct results.
The system just exploded. I defined 3601 points in each table (from
-180 to 180 with an increment 0.1). After 'mdrun', GOMACS generates two
warning information:</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>WARNING: For the 3598 non-zero entries for table 0 in
table_d1.xvg the forces deviate on average 193% from minus the
numerical derivative of the potential</div>
  <div>WARNING: For the 3598 non-zero entries for table 0 in
table_d2.xvg the forces deviate on average 193% from minus the
numerical derivative of the potential<br>
  <div>&nbsp;</div>
  <div>Do these two warnings matter very much? I checked the values for
x,f(x),-f'(x) in the tables and don't think there're mistakes. has
anyone of you met with such problems?&nbsp;</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>There're also some other confusions:</div>
  <div>1. Can the constant k before the cubic spline function be
defined arbitrarily, as long as the&nbsp;multiplication&nbsp;of k and f(x) equals
to the dihedral potential?&nbsp;</div>
  <div>2. The tables do not need to be supplied to mdrun using
'-tableb', right? I found if I omitted -tableb and the following table
files, GROMACS can still go and find the two tables.&nbsp;</div>
  <div>3. how to use '-tableb' if two tables are supplied? '-tableb
table_d1.xvg table_d2.xvg' or '-tableb table_d1.xvg -tableb
table_d2.xvg'? I tried both and error information was given that
GROMACS can not find 'table_d1_d1.xvg'. I then delete '_d1' in both of
the commands and there was no error information any more. It seems that
only one table can be supplied to mdrun by using'-tableb', the second
table can not be recognized all the time.</div>
  </div>
  </div>
</blockquote>
If you read the manual page of mdrun (i.e. in the appendix of GROMACS
manual) you find the following:<br>
<br>
<i>"When tabulated bonded functions are present in the topology,
interaction functions are read using the -tableb option. For each
different tabulated interaction type the table file name is modified in
a different way: before the file extension an underscore is appended,
then a b for bonds, an a for angles or a d for dihedrals and finally
the table number of the interaction type."<br>
</i><br>
Thus you run <i>mdrun -tableb mytablefilename.xvg</i> and GROMACS
automatically adds <i>_d*</i> before <i>.xvg, </i>where * is the
table number specified in the topology. In your case GROMACS finds your
table files automatically, because you gave them the default names
GROMACS searches for. <br>
For further informations read chapters 4.2.13, 5.7.1 and D.74 (manpage
mdrun) of the GROMACS manual.<br>
<blockquote cite="mid:20090720161853.12C0F246CA@struktbio205.bmc.uu.se"
 type="cite">
  <div
 style="font-family: garamond,'new york',times,serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
  <div>
  <div>Thanks for your help</div>
  <div>CH</div>
  </div>
  </div>
</blockquote>
Johannes<br>
</body>
</html>