<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>


Is the result of using these programs a pdb file or gro...... would you<br>
please explain a little bit?<br>
The systems that I want to simulate are fullerene and CNT. But before that I<br>
will simulate a box of water, spce. In this case is it ok to use<br>
spc216.pdb </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<br>
For example I checked <a href="http://www.gromacs.org/WIKI-import/PRODRG" target="_blank">http://www.gromacs.org/WIKI-import/PRODRG</a> as you<br>
mentioned, but I can not open links on the page. All of them (check force<br>
field for example) can not open with like this message &quot;Site settings could<br>
not be loaded&quot;...<br>
Is it the page I should use to get a pdb file for my system?? I really<br>
appreciate if you let me know the exact web-address to use PRODRG or xLeap<br>
(?).<br>
<br>
</blockquote></div><br>1. spc216.pdb  should contain SPC water, not SPCE.<br>2. You can convert your coordinates to PDB format using almost any molecular viewer (like MOLEKEL, VMD, etc).<br clear="all">3. The nanotubes files (coordinates and topologies) as well as a number of already equilibrated systems were uploaded by me to the topology section of the old site. I guess they are still accessible. You may also want to look for Christopher Stiles&#39; wonderful page with many details.<br>
<br><br>-- <br>Vitaly V. Chaban, Ph.D. (ABD)<br>School of Chemistry<br>V.N. Karazin Kharkiv National University<br>Svoboda sq.,4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a>,<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a><br>
skype: vvchaban, mob.: +38-097-8259698 <br><a href="http://www-rmn.univer.kharkov.ua/chaban.html">http://www-rmn.univer.kharkov.ua/chaban.html</a><br>===================================<br>!!! Looking for a postdoctoral position !!!<br>
===================================<br>