<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
I have a basic question (since I am new). For starting any simulation as I<br>
understand, is to find a .pdb or .gor file. Pdb files for proteins are<br>
already there, but for a new system what is the easiest and quick way to<br>
find it (which software etc). What about .gro files?????<br>

<br>
I appreciate your help for solve my basic problems.<br>
<br>
Thanks, Jamie<br>
</blockquote></div><br><br>Jamie,<br><br>Please see the help for genbox, genconf and editconf utlities of the gromacs package. It seems you should be interested in Protein Data Bank as well: <a href="http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do">http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do</a> <br>
<br><br>~ Vitaly<br><br>-- <br>Vitaly V. Chaban, Ph.D. (ABD)<br>School of Chemistry<br>V.N. Karazin Kharkiv National University<br>Svoboda sq.,4, Kharkiv 61077, Ukraine<br>email: <a href="mailto:chaban@univer.kharkov.ua">chaban@univer.kharkov.ua</a>,<a href="mailto:vvchaban@gmail.com">vvchaban@gmail.com</a><br>
skype: vvchaban, mob.: +38-097-8259698 <br><a href="http://www-rmn.univer.kharkov.ua/chaban.html">http://www-rmn.univer.kharkov.ua/chaban.html</a><br>===================================<br>!!! Looking for a postdoctoral position !!!<br>
===================================<br>