<div>Dear all,</div>
<div>I did a simulation of spce water and every thing seemed ok, when I did mdrun -s file.tpr -o file.trr -c file_out.gro -v -g file.log, I got a file.trr with zero size, but I have file.xtc that seems fine with VMD. I don&#39;t what happened here. Any idea?</div>

<div>Also I looked at the box size from first file.gro and last file_out.gro..... It shows the box size has been changed a little bit:</div>
<div> </div>
<div>first it was 1.86206 1.86206  1.86206 </div>
<div>finally it is 1.86586  1.86586  1.86586 </div>
<div> </div>
<div>Can someone please kindly make it clear to me why it happened?</div>
<div> </div>
<div>Thanks,</div>
<div>Jamie</div>
<div> </div>