Hi Justin,<br><br>So after struggling through ... I have confirmed that the error was due to Gromacs version incompatibility. Now my simulation is past problematic step and continues running without any error. <br><br>Also I am following your advice and also doing the same simulation but with two equilibration steps as per your tutorial. The pressure equilibration step had generated 7Gb *.trr file, is this normal for 10ns equilibration?<br>
<br>I have used mdp files from tutorial too. I have question about COM (center of mass) parameters. What happens if we forget about them and do not do the grouping of Solvent+Na+ + Cl- and Protein+DMPC, what could happen?<br>
The layer will slide past each other, or what?<br><br>And one more question about your tutuorial and my previous experiences:<br>Also when I was running InflateGRO my box size incread 4x, so it became huge, 25x25x25, and after compression by 0.95 factor is was around 22x22x22. Therefore I have used the box that we had in the lab already. Is this normal, because visiaully lipids are too spaced out and that&#39;s why water enters btwn them when you solvate, to the poin that I wrote C++ program that removes water from lipid bilayer.<br>
<br>