Dear gmx-users,<br>I am working on a hexameric protein. I have done simulation of protein-ligand complex (hexameric i.e. 6 protein monomers and 6 ligands). I want to compare the interaction energy of protein-ligand (energygroups= protein ligand sol) with the biochemical data (delta H). The protein-ligand interaction energy which I am getting through MD simulations is approximately 36 times more (for example, if delta_H= X kJ/mol, Eprotein-ligand= 36X kJ/mol). <br>
<br>In the case of monomeric simulation, Eprotein-ligand = 1/6 (hexameric Eprotein-ligand) which is approx. 6 times more than biochemical energy (delta H).<br>In the case of dimeric simulation, Eprotein-ligand = 1/3 (hexameric Eprotein-ligand) which is approx. 12 times more than delta H.<br clear="all">
<br>Could someone suggest me how to compare these values.<br><br>Thanking you.<br><br>-regards,<br>shankar<br>