Dear gmx-users,<br><div class="gmail_quote"><br>I am trying to create a tpr file using grompp.  My system has a protein with four identical chains, 288 POPC molecules, SOL, and ions.  I am trying to restrain the lipid molecules.  When running grompp, I get the following message:<br>


<br>Program grompp, VERSION 3.3<br>Source code file: toppush.c, line: 1108<br><br>Fatal error:<br>[ file &quot;posre_entirelipid1.itp&quot;, line 56 ]:<br>             Atom index (53) in position_restraints out of bounds (1-52)<br>


<br>I sent an email about this yesterday, but the advice was not applicable because of the set-up of my topology file.<br><br><font size="1">previous advice:  **********************<br>Position restraints sections must be placed within the same [ moleculetype ] definition. So, you can&#39;t include all of the position restraint information in one file, since that file is part of the Protein [ moleculetype ] definition. The ligand should be placed in its own posre.itp file and included in the topology.<br>


<br>These lines must be placed *outside* of the [ moleculetype ] directive of any other molecule(s) in the system. For consistency, whenever I have ligands, I place them immediately after the protein [ moleculetype ] and water topology, i.e.:<br>


<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>#include &quot;ligand.itp&quot;<br><br>#ifdef POSRES_LIGAND<br>#include &quot;ligand_posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>#include &quot;spc.itp&quot;<br><br>


(etc).<br><br>That way, the protein [ moleculetype ] ends with the #ifdef POSRES, the ligand section begins with #include &quot;ligand.itp&quot;, ends with the POSRES_LIGAND section, and then the topology reads the water topology, etc.<br>


*********************************************************************<br><br></font>This is the structure of my main topology file:<br><br>





<pre>; Include forcefield parameters
#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;

; Include chain topologies
#include &quot;topol_A.itp&quot;
#include &quot;topol_B.itp&quot;
#include &quot;topol_C.itp&quot;
#include &quot;topol_D.itp&quot;

; Include lipid topology
#include &quot;popc_Stockner.itp&quot;

; Include water topology
#include &quot;spc.itp&quot;

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include generic topology for ions
#include &quot;ions.itp&quot;

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein_A           1
Protein_B           1
Protein_C           1
Protein_D           1
POPC              288
SOL              33722
NA+               28</pre>***************<br><br>At the end of the lipid topology file popc_Stockner.itp, I have placed the #include for the lipid position restraint file posre_lipid.itp.   I tried moving the #include for the lipid position restraint into the main topology file, directly after the include lipid topology line, but this gives me the same error.<br>


<br>Do you have any suggestions of where exactly to put the #include for the lipid position restraint?<br><br>Thank you very much<br>
<br></div><br>