<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi Luis,<br>If you want only the initial energy, you can try minimize your<br>system using gradient conjugate (cg) or steepest descent (steep) algorithm<br>with large value of tolerance (emtol). Of course, using steeps of MD from GROMACS.<br><br>I hope this help.<br><br>Ph.D. Osmair V. Oliveira<br>Federal University of Sao Carlos <br>Brazil<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Wed, 29 Jul 2009 08:22:38 -0300<br>From: luis.scott@ufabc.edu.br<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] How to fi all atoms and to calculate the energy<br><br><div class="EC_gmail_quote"><br><br clear="all">
<div></div>
<div>Is it posible to calculate the energy of a protein without to execute any steps of MD&nbsp;? &nbsp;I need to claculate the initla enregy but wihtout excute stesp of dynamic.</div>
<div>How&nbsp;do&nbsp;I fix all atoms of a protein in Gromacs ?</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Thanks</div>
<div>best regards&nbsp;<br>-- <br>Prof. Dr. Luis Paulo Scott<br>CMCC- Centro de Matemática, Computação e Cognição<br>Universidade Federal do ABC<br>Grupo de Pesquisa em Biologia Computacional<br><br></div></div><br><br clear="all">

<div></div><br>-- <br>Prof. Dr. Luis Paulo Scott<br>CMCC- Centro de Matemática, Computação e Cognição<br>Universidade Federal do ABC<br>Grupo de Pesquisa em Biologia Computacional<br><br><br /><hr />Com o Windows Live, você pode organizar, editar e <a href='http://www.microsoft.com/brasil/windows/windowslive/products/photo-gallery-edit.aspx' target='_new'>compartilhar suas fotos.</a></body>
</html>