<div class="gmail_quote">Dear All<br>
 
    I have a protein where one residue ( Lysine ) is making a covalent bond with<br>
    the cofactor Pyridoxal phosphate. I have created other parameters of<br>
    heteroatom PLP  through PRODRG and manual checking. But I am not sure how to<br>
    include the parameters for the &quot;imine&quot; bond ( C=N  bond ) that has been<br>
    formed between side chain amine group of lysine and aldehyde group of<br>
    Pyridoxal phosphate.<br>
    Do I have to edit  C-termini database file ( ff????-c.tdb ) ?<br>
    A clue to this problem will be highly appreciated.<br>
    Regards<br>
    Supti Mukhopadhyay<br>
    Senior Research Fellow<br>
    Department of Psychopharmacology<br>
    NIMHANS, Bangalore<br>
    India<br>
<br>
</div><br>