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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I don't know if you know eneconv and trjcat, these programs can merge your output.<br>So you can still do all your analysis.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Wed, 29 Jul 2009 23:48:36 +1000<br>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] -append on jugene overwrites trr<br>&gt; <br>&gt; Dr. Leonid Yelash wrote:<br>&gt; &gt; Hello all together,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; in my compilation of Gromacs 4.0.5 on JUGENE (a Blue<br>&gt; &gt; Gene/P machine in Jülich), the -append option does not<br>&gt; &gt; work properly.<br>&gt; <br>&gt; Possibly that's intrinsic to the way I/O is handled on BlueGene. It <br>&gt; should be simple to create a test program that tries to append to an <br>&gt; existing file.<br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; <br>&gt; &gt; When i restart a simulation from a checkpoint, the mdrun<br>&gt; &gt; recognizes the checkpoint and -append (one can see it in<br>&gt; &gt; md.log), but instead of appending to md.log, traj.trr, ener.edr,<br>&gt; &gt; it overwrites them. The file offsets in state.cpt (printed<br>&gt; &gt; by gmxdump -cp) are shown here:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;&gt; number of output files = 3<br>&gt; &gt;&gt; output filename = md.log<br>&gt; &gt;&gt; file_offset_high = 0<br>&gt; &gt;&gt; file_offset_low = 21265<br>&gt; &gt;&gt; output filename = traj.trr<br>&gt; &gt;&gt; file_offset_high = 0<br>&gt; &gt;&gt; file_offset_low = 9021240<br>&gt; &gt;&gt; output filename = ener.edr<br>&gt; &gt;&gt; file_offset_high = 0<br>&gt; &gt;&gt; file_offset_low = 5872<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; The same distribution compiled for JUMP (a Power6 machine<br>&gt; &gt; running under AIX) works correctly. Details to the machines<br>&gt; &gt; can be found here<br>&gt; &gt; http://www.fz-juelich.de/jsc/service/sco_ibmBGP<br>&gt; &gt; http://www.fz-juelich.de/jsc/service/sco_ibmP6<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Does anybody know how to solve/work around? At the<br>&gt; &gt; moment i have to store continuations of a simulation run into<br>&gt; &gt; different directories, which complicates analysing data, e.g.<br>&gt; &gt; the calculation of time-dependent properties for the whole run.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Many thanks in advance for any hints!<br>&gt; &gt; Leonid<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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