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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>The charges are always scaled with fudgeQQ.<br><br>For the LJ parameters the precendence is:<br><br>For an atom pair in the [ pairs ] section with type A and B:<br>if parameters are present on the line in the [ pairs ] section use those, otherwise<br>if parameters are present in the [ pairtypes ] section use those, otherwise<br>if gen-pairs=no generate a fatal error, otherwise<br>if parameters for A-B are present in the [ nonbond_params ] section scale with fudgeLJ and use those, otherwise<br>use the parameters for A and B in the [ atoms ] section and scale with fudgeLJ and use those.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 30 Jul 2009 15:58:40 +0800<br>From: chees@nus.edu.sg<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] generate pair list and 1-4 interactions <br><br>






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<div class="EC_Section1">

<p class="EC_MsoNormal">Dear all,</p>

<p class="EC_MsoNormal">I am a bit confused about how the pair potentials (PPs)are
calculated.</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="EC_MsoNormal">If I state explicitly sigma and epsilon values for the pair
potentials, can I then still have a coulomb scaling of my 1-4 interactions?</p>

<p class="EC_MsoNormal">Say I set “gen-pairs” to “yes”,
although I have all possible pair potential interactions specified under “[
pairtypes ]”, would I then still be able to scale my 1-4 coulomb
interactions by setting a “FudgeQQ” different from 1? Also, would I
be able to scale the already given van der Waals interactions with “FudgeLJ”?</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="EC_MsoNormal">Finally, are generated pair potentials based on the parameters
specified under “[ atomtypes ]” or “[ nonbond_params ]”
(if the latter exist) in the ffamber03nb.itp file?</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="EC_MsoNormal">Best regards,</p>

<p class="EC_MsoNormal">Soren Enemark</p>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

</div><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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