<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>FudgeQQ is always used, independently of gen-pairs.<br>I have added a note about this in the manual.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Subject: RE: [gmx-users] generate pair list and 1-4 interactions<br>Date: Thu, 30 Jul 2009 17:07:49 +0800<br>From: chees@nus.edu.sg<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>







<style>
.ExternalClass .EC_shape
{;}
</style>

<style>
.ExternalClass p.EC_MsoNormal, .ExternalClass li.EC_MsoNormal, .ExternalClass div.EC_MsoNormal
{margin-bottom:.0001pt;font-size:12.0pt;font-family:'Times New Roman','serif';}
.ExternalClass a:link, .ExternalClass span.EC_MsoHyperlink
{color:blue;text-decoration:underline;}
.ExternalClass a:visited, .ExternalClass span.EC_MsoHyperlinkFollowed
{color:purple;text-decoration:underline;}
.ExternalClass p
{margin-right:0in;margin-left:0in;font-size:12.0pt;font-family:'Times New Roman','serif';}
.ExternalClass p.EC_ecmsonormal, .ExternalClass li.EC_ecmsonormal, .ExternalClass div.EC_ecmsonormal
{margin-right:0in;margin-left:0in;font-size:12.0pt;font-family:'Times New Roman','serif';}
.ExternalClass span.EC_ecmsohyperlink
{;}
.ExternalClass span.EC_ecmsohyperlinkfollowed
{;}
.ExternalClass span.EC_ecemailstyle17
{;}
.ExternalClass p.EC_ecmsonormal1, .ExternalClass li.EC_ecmsonormal1, .ExternalClass div.EC_ecmsonormal1
{margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:0in;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:'Calibri','sans-serif';}
.ExternalClass span.EC_ecmsohyperlink1
{color:blue;text-decoration:underline;}
.ExternalClass span.EC_ecmsohyperlinkfollowed1
{color:purple;text-decoration:underline;}
.ExternalClass span.EC_ecemailstyle171
{font-family:'Calibri','sans-serif';color:windowtext;}
.ExternalClass span.EC_EmailStyle26
{font-family:'Calibri','sans-serif';color:#1F497D;}
.ExternalClass .EC_MsoChpDefault
{font-size:10.0pt;}
@page Section1
{size:8.5in 11.0in;}
.ExternalClass div.EC_Section1
{page:Section1;}
</style>





<div class="EC_Section1">

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">Hi Berk,</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">Thanks for your answer, I am happy to have the priority list for
how the van der Waals term of the pair potential is calculated.</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">About fudgeQQ, do you mean that the pair potentials’ coulomb
terms are scaled with the fudgeQQ value, even when “gen-pairs” is
set to “no”?</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">( I see from the manual that “FudgeLJ is only used when
generate pairs is set to ‘yes’, so maybe your answer is already
given in the manual. Actually, I am not sure if this statement is an implicit
information about FudgeQQ..)</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">-Soren</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; font-family: 'Calibri','sans-serif'; color: rgb(31, 73, 125);">&nbsp;</span></p>

<div>

<div style="border-style: solid none none; border-color: rgb(181, 196, 223) -moz-use-text-color -moz-use-text-color; border-width: 1pt medium medium; padding: 3pt 0in 0in;">

<p class="EC_MsoNormal"><b><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Tahoma','sans-serif';">From:</span></b><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Tahoma','sans-serif';"> gmx-users-bounces@gromacs.org
[mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On Behalf Of </b>Berk Hess<br>
<b>Sent:</b> Thursday, July 30, 2009 4:33 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> RE: [gmx-users] generate pair list and 1-4 interactions</span></p>

</div>

</div>

<p class="EC_MsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="EC_MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Hi,<br>
<br>
The charges are always scaled with fudgeQQ.<br>
<br>
For the LJ parameters the precendence is:<br>
<br>
For an atom pair in the [ pairs ] section with type A and B:<br>
if parameters are present on the line in the [ pairs ] section use those,
otherwise<br>
if parameters are present in the [ pairtypes ] section use those, otherwise<br>
if gen-pairs=no generate a fatal error, otherwise<br>
if parameters for A-B are present in the [ nonbond_params ] section scale with
fudgeLJ and use those, otherwise<br>
use the parameters for A and B in the [ atoms ] section and scale with fudgeLJ
and use those.<br>
<br>
Berk</span></p>

<div class="EC_MsoNormal" style="text-align: center;" align="center"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">

<hr id="EC_stopSpelling" align="center" width="100%" size="2">

</span></div>

<p class="EC_MsoNormal" style="margin-bottom: 12pt;"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Date: Thu, 30 Jul 2009 15:58:40 +0800<br>
From: chees@nus.edu.sg<br>
To: gmx-users@gromacs.org<br>
Subject: [gmx-users] generate pair list and 1-4 interactions </span></p>

<div>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Dear
all,</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">I
am a bit confused about how the pair potentials (PPs)are calculated.</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">&nbsp;</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">If
I state explicitly sigma and epsilon values for the pair potentials, can I then
still have a coulomb scaling of my 1-4 interactions?</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Say
I set “gen-pairs” to “yes”, although I have all
possible pair potential interactions specified under “[ pairtypes
]”, would I then still be able to scale my 1-4 coulomb interactions by
setting a “FudgeQQ” different from 1? Also, would I be able to
scale the already given van der Waals interactions with “FudgeLJ”?</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">&nbsp;</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Finally,
are generated pair potentials based on the parameters specified under “[
atomtypes ]” or “[ nonbond_params ]” (if the latter exist) in
the ffamber03nb.itp file?</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">&nbsp;</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Best
regards,</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Soren
Enemark</span></p>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">&nbsp;</span></p>

</div>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">&nbsp;</span></p>

<div class="EC_MsoNormal" style="text-align: center;" align="center"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">

<hr align="center" width="100%" size="2">

</span></div>

<p class="EC_MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Verdana','sans-serif';">Express
yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN
Messenger</a></span></p>

</div><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>