<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV><BR>Dear Justin,</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <SPAN style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: 'Nimbus Roman No9 L','serif'; mso-bidi-font-size: 12.0pt; mso-fareast-font-family: 'Nimbus Sans L'; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: #00FF; mso-bidi-language: AR-SA">i am trying to insert a peptide in trans-bialyer orientation into a </SPAN><SPAN style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: 'Nimbus Roman No9 L','serif'; mso-fareast-font-family: 'Nimbus Sans L'; mso-bidi-font-family: 'Times New Roman'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: #00FF; mso-bidi-language: AR-SA">pre-equilibrated POPC bilayer using&nbsp; <A href="http://moose.bio.ucalgary.ca/files/inflategro"><B style="mso-bidi-font-weight: normal"><FONT color=#000080>inflategro</FONT></B></A> script. After 13 steps of compression, the area per lipid is 2.61956768363491 nm^2, whereas the desired
 area per lipid is 0.658 nm^2. But when i try to energy minimize the compressed structure after 13th steps of compression, the energy did not converged and give the following errors. During em i use strong position restraints on peptide heavy atom using force constants of 100000.<BR>------------------------------<BR>perl inflategro em_13.gro 0.95 POPC 0 com_13.gro 5 area_lip.dat <BR>grompp -f enermin.mdp -c com_13.gro -p system.top -o em_14.tpr<BR>mdrun -s em_14.tpr -nice 4 -o em_14 -c em_14 -e em_14 -g em_14&amp;<BR>Reading file em_14.tpr, VERSION 3.3.1 (single precision)<BR>Steepest Descents:<BR>&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e+03<BR>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50000<BR><BR>Step 9, time 0.018 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 0.001381 (between atoms 72 and 74) rms 0.000054<BR>bonds that rotated more than 30
 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 539&nbsp;&nbsp;&nbsp; 540&nbsp;&nbsp; 35.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR><BR>Step 15, time 0.03 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 0.003842 (between atoms 65 and 68) rms 0.000141<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 539&nbsp;&nbsp;&nbsp; 540&nbsp;&nbsp; 38.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR><BR>Step 16, time 0.032 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 0.016511 (between atoms 65 and 68) rms 0.000550<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 65&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp; 42.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1412&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68&nbsp;&nbsp; 42.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1413&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp;&nbsp; 41.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1411&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72&nbsp;&nbsp; 41.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1411&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74&nbsp;&nbsp; 39.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1407&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 72&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 74&nbsp;&nbsp; 38.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1406&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 344&nbsp;&nbsp;&nbsp; 345&nbsp;&nbsp;
 34.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1397&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 344&nbsp;&nbsp;&nbsp; 347&nbsp;&nbsp; 34.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1397&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 345&nbsp;&nbsp;&nbsp; 349&nbsp;&nbsp; 33.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1397&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 347&nbsp;&nbsp;&nbsp; 351&nbsp;&nbsp; 33.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1397&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 349&nbsp;&nbsp;&nbsp; 353&nbsp;&nbsp; 32.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1397&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 351&nbsp;&nbsp;&nbsp; 353&nbsp;&nbsp; 32.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1397&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 381&nbsp;&nbsp;&nbsp; 382&nbsp;&nbsp; 33.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 381&nbsp;&nbsp;&nbsp; 384&nbsp;&nbsp; 33.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 382&nbsp;&nbsp;&nbsp; 386&nbsp;&nbsp; 32.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 384&nbsp;&nbsp;&nbsp; 388&nbsp;&nbsp; 33.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 386&nbsp;&nbsp;&nbsp; 390&nbsp;&nbsp; 32.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 388&nbsp;&nbsp;&nbsp; 390&nbsp;&nbsp; 32.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp; 0.1396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 539&nbsp;&nbsp;&nbsp; 540&nbsp;&nbsp; 49.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 546&nbsp;&nbsp;&nbsp; 547&nbsp;&nbsp; 33.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.1250&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250<BR><BR>Stepsize too small, or no change in energy.<BR>Converged to machine precision,<BR>but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<BR><BR><B style="mso-bidi-font-weight: normal">Double precision normally gives you higher accuracy.</B><BR><B style="mso-bidi-font-weight: normal">You might need to increase your constraint accuracy, or turn</B><BR><B style="mso-bidi-font-weight: normal">off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)</B><BR><BR>writing lowest energy coordinates.<BR><BR>Steepest Descents converged to machine precision in 43 steps,<BR>but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<BR>Potential Energy&nbsp; = -1.2865473e+05<BR>Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.7082656e+04 on atom 547<BR>Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 6.7057188e+04<BR><BR>gcq#38: "I'm Your Worst Nightmare"
 (Creep)<BR><BR>-------------------------------------------------------------------------<BR>my enermin.mdp file is .......................<BR>-------------------------------------------------<BR>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; sp position restraining<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>constraint_algorithm=&nbsp; lincs<BR>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<BR>lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 6<BR>lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 30<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 steep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Maximum number of (minimization) steps to perform<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 200<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Cut-off for making neighbor list (short range
 forces)<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Periodic Boundary
 Conditions (yes/no)<BR>;<BR>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<BR>;<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR><BR>---------------<BR>should i continue further compression with this energy minimized structure (em_14.gro)??<BR>if not how can i&nbsp;slove this problem.<BR>waiting&nbsp;for ur suggestion.<BR>Moutusi Manna<BR style="mso-special-character: line-break"><BR style="mso-special-character: line-break"></SPAN></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>
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