I used gzip to uncompress the file first:<br><br># gzip -d topolbuild1_2_1.tgz<br><br>and then I used tar:<br><br># tar -xvf topolbuild1_2_1.tar<br><br>This seems to work.<br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Aug 1, 2009 at 6:05 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Nancy wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
I downloaded &quot;topolbuild1_2_1.tgz&quot; from the URL: <a href="http://www.gromacs.org/@api/deki/files/40/=topolbuild1_2_1.tgz" target="_blank">http://www.gromacs.org/@api/deki/files/40/=topolbuild1_2_1.tgz</a><br>
<br>
However, when I tried to decompress the file, I received the following error message:<br>
<br>
# tar -xvf topolbuild1_2_1.tgz<br>
</blockquote>
<br></div>
You have to unzip it as well, i.e.:<br>
<br>
tar -zxvf topolguild1_2_1.tgz<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
tar: This does not look like a tar archive<br>
tar: Skipping to next header<br>
tar: Archive contains obsolescent base-64 headers<br>
tar: Error exit delayed from previous errors<br>
<br>
I also tried to obtain topolbuild 1.2.1 from<br>
<br>
<a href="http://oldwww.gromacs.org/component/option,com_docman/task,doc_download/gid,111/Itemid,26/" target="_blank">http://oldwww.gromacs.org/component/option,com_docman/task,doc_download/gid,111/Itemid,26/</a><br>
<br>
but that did not work either.  Please advise.<br>
<br>
Thank you.<br>
Nancy<br>
<br>
<br>
<br></div><div class="im">
On Sat, Aug 1, 2009 at 11:31 AM, Bruce D. Ray &lt;<a href="mailto:brucedray@yahoo.com" target="_blank">brucedray@yahoo.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:brucedray@yahoo.com" target="_blank">brucedray@yahoo.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
    On Fri, Jul 31, 2009 at 5:19:19 PM, Nancy &lt;<a href="mailto:nancy5villa@gmail.com" target="_blank">nancy5villa@gmail.com</a><br></div><div><div></div><div class="h5">
    &lt;mailto:<a href="mailto:nancy5villa@gmail.com" target="_blank">nancy5villa@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
     &gt; If it necessary to manually create force field parameters for<br>
    each molecule, then how can one run a<br>
     &gt; simulation involving a number of arbitrary molecules (e.g. a set<br>
    of mono and disaccharides) for<br>
     &gt; which there are no existing force fields?<br>
     &gt;<br>
     &gt; Do you know of any other MD software package that is capable of<br>
    running simulations on<br>
     &gt; arbitrary molecules without having to &quot;piece together&quot; a force<br>
    field for each molecule?<br>
<br>
    Provided that the desired force field has suitable parameters for a<br>
    particular bonding situation<br>
    already, there are software packages that can generate a potentially<br>
    suitable topology from<br>
    a molecule&#39;s structure.  For gromacs topologies, user contributions<br>
    to gromacs include<br>
    topolbuild 1.2.1 that supports amber, gaff, glycam, Tripos, and<br>
    gromacs force fields<br>
    (my upcoming version 1.3 will also do OPLS-AA with the numeric opls<br>
    atom types), and<br>
    topolgen 1.1, a Perl script that supports OPLS-AA.  Also available<br>
    in user contributions<br>
    is ambconv that takes the file generated by antechamber and leap<br>
    from amber tools<br>
    and generates a gromacs topology that uses the amber or gaff<br>
    forcefield selected when<br>
    leap was applied to the antechamber output.  Another option is the<br>
    Perl script<br>
    mktop at &lt;<a href="http://labmm.iq.ufrj.br/mktop/" target="_blank">http://labmm.iq.ufrj.br/mktop/</a>&gt;, documented in Ribeiro,<br>
    A.A.S.T., Horta, B.A.C.,<br>
    and  de Alencastro, R.B.  J. Braz. Chem. Soc., Vol. 19, No. 7,<br>
    1433-1435, 2008.  Also<br>
    there is acpypi, the AnteChamber Python Parser Interface available at<br></div></div>
    &lt;<a href="http://code.google.com/p/acpypi/" target="_blank">http://code.google.com/p/acpypi/</a>&gt;./ &lt;<a href="http://code.google.com/p/acpypi/" target="_blank">http://code.google.com/p/acpypi/</a>&gt;/<div class="im">
<br>
<br>
    I hope one of these with careful selection of the force field will<br>
    be helpful to you.<br>
<br>
<br>
    Sincerely,<br>
         --     Bruce D. Ray, Ph.D.<br>
    Associate Scientist<br>
    IUPUI<br>
    Physics Dept.<br>
    402 N. Blackford St.<br>
    Indianapolis, IN 46202-3273<br>
<br>
<br>
<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
    www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<div class="im"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br><div class="im">
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br></div><div><div></div><div class="h5">
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>